您可以用几种方法来分析Desmond模拟。有些分析可以在任何分子动力学模拟上进行，有些则只能在特定类型的模拟上进行。
- 要以电影形式播放轨迹，提取快照，并进行交互式分析，请使用轨迹播放器。
- 要对轨迹进行聚类，请使用轨迹框架聚类面板。
- 要检查集合属性，如势能、温度或压力，请使用模拟质量分析面板。
- 要测量基于几何和能量的属性，如RMSD、RMSF、氢键或库仑能，请使用 "Review Energy Plots "面板或 "Plot Computed Values Over Time "面板。
- 如果你进行了蛋白质-配体系统的分子动力学模拟，使用模拟相互作用图面板来分析蛋白质-配体系统的特定属性。
- 你可以用 "径向分布函数 "面板计算径向分布函数
- 如果你进行了元动力学模拟，你可以用元动力学分析面板对其进行分析
- 如果你进行了复制交换模拟，可以用复制交换动力学审查面板进行分析。