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编程问答
Desmond2022
2022-12-06
【译】Desmond2022-4_7分析Desmond模拟
您可以用几种方法来分析Desmond模拟。有些分析可以在任何分子动力学模拟上进行,有些则只能在特定类型的模拟上进行。要以电影形式播放轨迹,提取快照,并进行交互式分析,请使用
2022-12-06
【译】Desmond2022-4_6含膜模型系统的弛豫
对含有膜的系统的模拟需要一些特殊的考虑。这是因为目前几乎所有存在的全原子膜势模型,在模拟纯膜时,在几十纳秒的时间尺度上都不能保持适当的表面积。如果非脂质成分占了膜
2022-12-06
【译】Desmond2022-4_5模型系统的弛豫
系统的松弛是MD模拟的一个重要部分,因为刚建立的系统可能有很大程度的应变。只有当系统被松弛后,才能进行模拟,在给定的温度和压力下,系统的特性才能被分析出来。NPT组合的默
2022-12-06
【译】Desmond2022-4_3构建模型系统
对水性生物系统进行模拟需要准备生物分子,如蛋白质和配体,加入反离子以中和系统,选择模拟箱的大小,使用明确的溶剂分子溶解溶质,以及将蛋白质与膜双层对齐(如果使用)。如果必须手
2022-12-06
【译】Desmond2022-4_4从maestro运行Desmond模拟
Desmond面板使您能够设置和运行Desmond的主要任务:分子动力学、最小化、模拟退火、复制交换和元动力学工作。这些面板的设计是为了使设置这些类型的工作尽可能简单,并提供最
2022-12-06
【译】Desmond2022-4_2计算概述
2.计算概述Desmond工作应该从准备好的结构开始。对于蛋白质,我们建议用蛋白质制备向导来制备(详见《蛋白质制备指南-内容》)。对于其他类型的分子,如配体,分子应该有一个相当好