2.计算概述

Desmond工作应该从准备好的结构开始。对于蛋白质，我们建议用蛋白质制备向导来制备（详见《蛋白质制备指南-内容》）。对于其他类型的分子，如配体，分子应该有一个相当好的Lewis结构（尽管有一些内置功能可以调整不正确的或不理想的Lewis结构）。

如果您有 MacroModel，您可以通过使用 OPLS4（或 OPLS_2005）力场在溶剂设置为 None 的情况下进行当前能量计算（可从应用程序菜单的 MacroModel 子菜单中获取）来对结构进行快速检查。如果计算成功，几乎可以肯定Desmond及其相关工具也能够处理这个结构。如果该结构有问题，Maestro和MacroModel通常会提供有用的诊断，说明可能出了什么问题。

在Desmond分子动力学模拟的基础上进行研究，通常需要经过几个阶段，包括模拟设置、放松系统（这可能只是一个最小化）、运行模拟、查看轨迹和分析结果。模拟设置见《为Desmond模拟建立模型系统》，基本的Desmond最小化、分子动力学、模拟退火、复制交换和元动力学任务见《从Maestro运行Desmond模拟》。检查结果，包括查看轨迹和分析结果，在分析Desmond 模拟中描述。

自由能量扰动（FEP）模拟也可以用Desmond运行，但由于计算的复杂性，这些工作的处理和支持方式不同。关于FEP模拟的更多信息，请看FEP+用户手册-内容。

从Maestro运行的Desmond模拟的基本概要如下：

1. 将感兴趣的系统的结构文件导入Maestro。
2. 用蛋白质制备向导准备好结构进行模拟。这一步包括去除离子和分子（这是结晶的假象），设置正确的键序，添加氢，必要时填充缺失的侧链或整个残基，调整各种基团的方向，改变残基质子化状态以优化氢键网络，然后仔细检查结构。
3. 如果你的系统是一个膜蛋白，将蛋白嵌入膜中。这一步和接下来的两步都在系统生成器面板中进行。
4. 生成一个用于模拟的溶解系统。
5. 分配正或负的反离子以中和系统，并引入额外的离子以设置所需的离子强度（必要时）。
6. 通过最小化或选择面板选项在模拟前弛豫模型系统。
7. 在Desmond的一个常规面板中设置模拟参数，用于分子动力学、模拟退火或复制交换。
8. 运行模拟。
9. 使用轨迹浏览器和其他分析工具分析你的结果。

注意：尽管你可以在Windows和Mac主机上准备和提交Desmond作业，但你只能在Linux主机上运行它们。

作业是在作业控制设施下运行的，它管理启动作业、传输文件、检查状态等细节。关于这个设施的更多信息和它的运作方式，以及作业设置对话框的细节，请参见作业控制指南 - 内容。