Desmond面板使您能够设置和运行Desmond的主要任务：分子动力学、最小化、模拟退火、复制交换和元动力学工作。这些面板的设计是为了使设置这些类型的工作尽可能简单，并提供最常见的模拟控制。面板中提供的默认值代表了准确性和性能之间的良好平衡，对于大多数工作来说，无需改变就足够了。如果要对模拟参数进行更多控制，可以在Desmond - 高级选项对话框中进行设置。定制的力场可以在模拟中使用；现有的定制力场的位置在偏好面板中设置。Desmond面板（及相关工具）可从经典模拟下的任务工具中获得；轨迹查看器可从项目表中使用作业的输出条目打开。
除了设置模拟，你还可以使用这些面板从之前中断的模拟所产生的检查点文件中重新启动模拟。在这种情况下，面板会进入只读状态，在这种状态下，大部分控制都是由读取的信息设置的，不能更改。
所有从这些面板运行的工作都需要先在系统生成器面板中建立一个模型系统--详见为Desmond模拟建立模型系统。
Desmond模拟是在一个单一的图形处理器（GPU）上运行。如果主机有一个以上的GPU，作业驱动会自动选择GPU。一个模拟只能选择一个GPU，因为多于一个GPU的扩展性很差。对图形处理器的要求在支持平台网页上给出。你还必须设置主机文件，以识别具有合适图形处理器的主机上的GPU，使用pgpu设置--参见主机文件的信息。还有几篇关于Desmond使用GPU的知识库文章。
Desmond模拟也可以从命令行运行--参见从命令行运行Desmond模拟。
关于个别面板的细节，请看该面板的帮助。
- Desmond — Minimization Panel
- Molecular Dynamics Panel
- Simulated Annealing Panel
- Replica Exchange Panel
- Metadynamics Panel