对水性生物系统进行模拟需要准备生物分子，如蛋白质和配体，加入反离子以中和系统，选择模拟箱的大小，使用明确的溶剂分子溶解溶质，以及将蛋白质与膜双层对齐（如果使用）。如果必须手动操作，这个过程往往是乏味的。Maestro提供了所有这些任务的工具。
用于Desmond模拟的蛋白质和配体结构必须是完整的、具有合理几何形状的全原子三维结构。在模拟中使用的蛋白质和配体结构的制备可以通过蛋白质制备向导和LigPrep完成。蛋白质制备向导可以纠正结构缺陷，添加氢原子，分配键序，并可以有选择地分配同构化和电离状态，优化氢键网络。欲了解更多信息，请参见《蛋白质制备指南--内容》。LigPrep在必要时进行二维到三维的转换，添加氢原子，根据要求生成同位素、电离状态、环形构象和立体异构体，并产生最小化的三维结构。更多信息请参见LigPrep用户手册-内容。
一旦你准备好了蛋白质和配体的结构，你就可以进行建立一个模型系统的剩余任务，该系统可以包括蛋白质、配体、显性溶剂、膜和反离子。系统生成器使这一过程自动化，大大减少了所需的工作量。你可以在系统生成器面板上设置并运行一个系统生成器作业，也可以通过命令行（参见从命令行建立Desmond模型系统）。System Builder作业可以在Linux、Mac或Windows平台上运行。
要打开这个面板，请执行以下操作之一。
- Click the Tasks button and browse to Classical Simulation → System Setup
- Click the Tasks button and browse to Desmond → System Builder
- Click the Tasks button and browse to Biologics → Molecular Dynamics → System Setup
- Click the Tasks button and browse to Materials → Classical Mechanics → More MD Tasks → System Builder
在你开始在此面板工作之前，在工作区显示溶质。