文章目录1.跟着官网下载2.跟着官网的样例做对接1.导航到配体文件夹2.准备受体2.1先导航到蛋白受体文件夹2.2下载3BLP的pdb文件并用clean_pdb.py脚本预处理蛋白质2.3把处理好的蛋白放到docking文件夹3.准备配体参数3.1导航到ligand_prep3.2配体文件3.分析

前序课程1前序课程2场景简述蛋白与配体对接后，采用通常的分子动力学模拟，通常会采样得到势阱附近的大量结构（如下图左L-P），即蛋白-配体结合构象的平均系综。如果想要探究蛋白-配体解离过程，需要克服一个解离能垒，去到L-P*，甚至更远的L+P解离状态。这时候静候模拟体系自然地运动过去是不

技术背景如果我们有一个蛋白质X和一个配体Y，那么可以对这个X+Y的体系跑一段长时间的分子动力学模拟，以观测这个体系在不同结合位点下的稳定性。类似于前面一篇博客中计算等高面的方法，我们可以计算轨迹的KDE函数，然后保存成Cube格式（高斯中用于保存电子轨道的一种格式）的文件。然后就可

前序课程1前序课程2目录应用场景简述；-[Done]DSDP:蛋白-配体对接；-[Done]XPONGE：蛋白-配体建模，加溶剂；-[Done]SPONGE：能量极小化-NVT-NPT-正式模拟；-[Done]XPONGE：数据简单后处理。5.XPONGE：数据简单后处理经过1ns的SPONGE分子动力学模拟，得到了轨迹文件"mdcrd.dat

前序课程目录应用场景简述；-[Done]DSDP:蛋白-配体对接；-[Done]XPONGE：蛋白-配体建模，加溶剂；-[Done]SPONGE：能量极小化-NVT-NPT-正式模拟；XPONGE：数据简单后处理。4.SPONGE：能量极小化-NVT-NPT-正式模拟文件下载进入建模文件目录，如下图：SPONGE输入文件采用独特的参

软件支持SPONGE（SimulationPackagetOwardNextGEnerationmolecularmodelling）是由北京大学高毅勤课题组开发的分子动力学模拟程序。安装教程XPONGE使用python编写的分子动力学模拟前后处理工具。简易安装：pipinstallgit+https://gitee.com/gao_hyp_xyj_admin/xponge.gitDS