在您提供的代码中，/diska/FAIR/data/crossdocked_pocket10_processed.lmdb和/diska/FAIR/data/crossdocked_pocket10/index.pkl文件是数据处理的关键组成部分，它们之间有紧密的关系：1.index.pkl文件index.pkl文件是一个索引文件，包含了一些信息（如蛋白质结构和配体信息），指向数

可以网上下载翻版的，但是发文章或者什么使用最好的单位已经购买的，很多软件都有这样的问题，需要了解一下是不是开源的这个太久没有用都有点忘记了，需要翻开笔记一点点对一下然后开始记录纸质的笔记除了实验步骤其他的都不是很方便呀，不够形象，没有图片观看怎么点击我就是傻瓜式的

开始也是什么不会，一点点的学还有记录目前电脑上安装了AutoDockVina（AutoDockVina(scripps.edu) 以及薛定谔，好像我们还买了discoverystudio(听说也可以分子对接，但是我一般拿这个软件来进行对接结果的分析，可以看到2D,3D的分析，还有一些其他的键显示等)目前用的最多的就是Vi

本人是win11，薛定谔版本是12.9。官网：https://www.schrodinger.com/本篇文章的示例大分子蛋白PDBID为4KNN，小分子配体的MOLID为MOL004004。打开软件，最原始的界面如下：我个人将其分为几个板块，由上到下由左到右分别是：常见软件导航栏，包括基础的导入导出文件，操作撤回等。

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#include<stdio.h>#include<stdlib.h>#include<dirent.h>#include<sys/stat.h>#include<pthread.h>#include<unistd.h>#include<string.h>#include<libgen.h>#include<stdbool.h>#include<asser

11月26日，鸿蒙智行旗下智界新S7在华为Mate品牌盛典上市，并公布正式售价。智界新S7正式上市推出3款车型，智界新S7Pro售价22.98万元，智界新S7Max售价26.98万元起，智界新S7Ultra售价31.98万元，首销期即刻下定，至高可享受价值35000元的权益。智界新S7将于12月1日开启交付。智界S7发布一年

1物理内存初始化——引导分配器memblock  Linux内核启动时，先要初始化物理内存，这个阶段的作用主要是确定物理内存大小，哪些是可用的？哪些是预留的？完成这一阶段工作的是memblock引导分配器。  内核启动时初始化物理内存的处理函数调用路径大概是(基于Linux5.10.1源码查看)： 

文章目录1.跟着官网下载2.跟着官网的样例做对接1.导航到配体文件夹2.准备受体2.1先导航到蛋白受体文件夹2.2下载3BLP的pdb文件并用clean_pdb.py脚本预处理蛋白质2.3把处理好的蛋白放到docking文件夹3.准备配体参数3.1导航到ligand_prep3.2配体文件3.分析

前序课程1前序课程2场景简述蛋白与配体对接后，采用通常的分子动力学模拟，通常会采样得到势阱附近的大量结构（如下图左L-P），即蛋白-配体结合构象的平均系综。如果想要探究蛋白-配体解离过程，需要克服一个解离能垒，去到L-P*，甚至更远的L+P解离状态。这时候静候模拟体系自然地运动过去是不

技术背景如果我们有一个蛋白质X和一个配体Y，那么可以对这个X+Y的体系跑一段长时间的分子动力学模拟，以观测这个体系在不同结合位点下的稳定性。类似于前面一篇博客中计算等高面的方法，我们可以计算轨迹的KDE函数，然后保存成Cube格式（高斯中用于保存电子轨道的一种格式）的文件。然后就可

前序课程1前序课程2目录应用场景简述；-[Done]DSDP:蛋白-配体对接；-[Done]XPONGE：蛋白-配体建模，加溶剂；-[Done]SPONGE：能量极小化-NVT-NPT-正式模拟；-[Done]XPONGE：数据简单后处理。5.XPONGE：数据简单后处理经过1ns的SPONGE分子动力学模拟，得到了轨迹文件"mdcrd.dat

前序课程目录应用场景简述；-[Done]DSDP:蛋白-配体对接；-[Done]XPONGE：蛋白-配体建模，加溶剂；-[Done]SPONGE：能量极小化-NVT-NPT-正式模拟；XPONGE：数据简单后处理。4.SPONGE：能量极小化-NVT-NPT-正式模拟文件下载进入建模文件目录，如下图：SPONGE输入文件采用独特的参

软件支持SPONGE（SimulationPackagetOwardNextGEnerationmolecularmodelling）是由北京大学高毅勤课题组开发的分子动力学模拟程序。安装教程XPONGE使用python编写的分子动力学模拟前后处理工具。简易安装：pipinstallgit+https://gitee.com/gao_hyp_xyj_admin/xponge.gitDS