开始也是什么不会，一点点的学还有记录
目前电脑上安装了AutoDock Vina（AutoDock Vina (scripps.edu) 以及薛定谔，好像我们还买了discovery studio (听说也可以分子对接，但是我一般拿这个软件来进行对接结果的分析，可以看到2D,3D的分析，还有一些其他的键显示等)
目前用的最多的就是Vina，还是好用的，就是一个一个的对接太慢了，我们自己给它进行了优化，就是使用脚本，都是瞎学瞎搞的，可以一对多，多对多等，方便了很多，新手小白搞这个搞了特别久，苦恼，真想认识大佬。
先下载软件，根据自己的电脑下载。
然后下载处理蛋白质，小分子，以及对接盒子的工具
看那个MGLTools，就是它下载，有个缺点，已经不维护更新了，的用py2才可以。
下载了就可以得到很多工具，有oprnbabel-处理小分子，adt就是自带的vina的小分子蛋白质处理，其他还有pms, racoon这些不会用，后面研究一下。
点击adt后
进来之后可以进行Ligand以及receptor的处理，就是格式转化，从pdb-pdbqt（只能识别这一种格式，也是不方便的一点，可以用薛定谔好像不限制格式，后面用了再记录一下）
先进行重要的一步，文件夹建立，将路径保存进行，所有的处理后的结果都会保存在建立的文件夹中，不然不好找， 在startup Directroy里面
配体-就是小分子的处理：可扭转原子以及刚性键可旋转键的选择
受体-蛋白质的处理：也可以提前用pymol进行初步处理-去水。去溶剂，加氢，加电荷。再grid里面选择
然后编辑里面就有要加氢这些操作
小分子，蛋白质都处理结束后，保存成pdbqt格式后。
后面就是对接盒子的建立，两种，一种是你的蛋白质小分子本来就有的配体位置，一种是蛋白质没有配体的情况。有配体的就把原配体的位置作为对接盒子位置，没有配体的可以选择把整个蛋白质包裹进行对接。
选择将蛋白质（pdbqt格式）导入后，在Grid这个界面进行调整，整个空间坐标的放大和缩小，调整到合适位置之后
搞好之后保存盒子
之后选择docking里面，将对接盒子的配置文件保存
最后在run里面进行运行
最后会在文件夹得到一个pdbqt的输出结果，名字就是前面config里面自己可以设置的out的
最后导入进行结果的观看，即结合势能-对接分数，越小约好(负数）
里面可以进行简单的观看结果，有可能相互作用的氨基酸残基，以及是否有氢键等
更详细的对接结果分析可以用pymol，chimera处理。
标签：分子,pdbqt,Vina,对接,AutoDock,处理,配体,蛋白质 From： https://blog.csdn.net/weixin_66217394/article/details/144183078