系统的松弛是MD模拟的一个重要部分，因为刚建立的系统可能有很大程度的应变。只有当系统被松弛后，才能进行模拟，在给定的温度和压力下，系统的特性才能被分析出来。
NPT组合的默认松弛过程的阶段是：
1.在10K温度下用布朗动力学在NVT集合中进行模拟，时间步长较小，溶质非氢原子受到限制。
2.在NVT集合中使用Langevin恒温器进行模拟：
模拟时间为12ps
温度为10K
一个快速的温度松弛常数
每1ps进行一次速度重采样
非氢溶质原子受到限制
3.使用Langevin恒温器和Langevin静止器在NPT集合中进行模拟：
模拟时间为12ps
温度为10K，压力为1大气压
快速温度松弛常数
一个慢速压力松弛常数
每1ps进行一次速度重采样
非氢溶质原子受到限制
4.使用Langevin恒温器和Langevin静止器在NPT集合中进行模拟：
模拟时间为12ps
温度为300K，压力为1大气压
快速温度松弛常数
一个慢速压力松弛常数
每1ps的进行重新取样
非氢溶质原子受到限制
5.使用朗格文恒温器和朗格文静压器在NPT集合中进行模拟。
仿真时间为24ps
温度为300K，压力为1大气压
快速温度松弛常数
正常压力松弛常数
这个协议也用于NPAT和NPγT组合。一个类似的协议也用于NVT集合。
协议文件可以在$SCHRODINGER/mmshare-vversion/data/desmond找到。该程序遵循与NPT类似的模式。
标签：松弛,Desmond2022,模型,Langevin,弛豫,NPT,常数,模拟,温度 From： https://www.cnblogs.com/matrixray/p/16960618.html