利用scanpy计算adata的obs中的质量控制指标（n_genes_by_counts,total_counts等参数指标）⚠️注意：只是计算相关质量控制指标，并不会筛选/过滤数据。需要用的包：scanpy和anndata导入包和读取adata数据importanndataimportscanpyasscimportpandasaspdimportnumpyasnpa

作者，EvilGeniusHD数据不同于Xenium，目前还是横屏竖直的一刀切数据分析模式，但是真实的细胞绝对不是如此分布的，那么实际分析中，2um的精度配合图像的信息，获取真实的细胞分布数据，就成了分析的必须。多说一句，分析的准确性和超前化也是公司对核心分析人员的核心要求。如下如，我们最

作者按本章节主要讲解了基于transformer的迁移注释方法TOSICA，该算法在迁移注释上达到了SOTA的水平，在注释这么卷的赛道愣是杀出了一条血路。本教程首发于单细胞最好的中文教程，未经授权许可，禁止转载。全文字数|预计阅读时间:3000|3min——Starlitnightly（星夜）1.背景迁移注释

目前，国内对于单细胞测序分析的教程五花八门，百花齐放，一个合适且准确的pipeline对于分析是很有价值的。2023年在NatRevGenet上发表的一篇论文Bestpracticesforsingle-cellanalysisacrossmodalities，详细介绍了单细胞最佳实践的流程。但是，其在国内的推广有两个不足：（一）全英文教

 Understandingq-valueandFDRinDifferentialExpressionAnalysisDaqianIntroductiontoq-valueandFDRIndifferentialgeneexpressionanalysis,researchersareoftenconfrontedwiththechallengeofdistinguishingtruesignals—thosegenesthat

 #本教程部分文件，来源B站15天入门生物信息教程“https://www.bilibili.com/video/BV1K44y1B7Dg/?spm_id_from=333.337.search-card.all.click&vd_source=19eea84b7c1e944fd3c6b3ccca066ade”#1，先将毛果杨的GFF格式的注释文件转换为GTF格式：condainstallgffreadgffread

写在前面学习一个软件最好的方法就是啃它的官方文档。本着自己学习、分享他人的态度，分享官方文档的中文教程。软件可能随时更新，建议配合官方文档一起阅读。推荐先按顺序阅读往期内容：文献篇：1.文献阅读：使用Tangram进行空间解析单细胞转录组的深度学习和比对:::block-1目

1.脚本主要内容*批量读取下机数据*计算双细胞比例*BBKNN去除批次效应*去除细胞周期的影响*转换为seurat对象2.脚本点击查看代码importscanpyasscimportanndataasanimportpandasaspdimportnumpyasnpimportmatplotlibasmplimport

点击查看代码importargparseimportscanpyasscimporthotspotimportnumpyasnpimportmplscienceimportmatplotlibimportmatplotlib.pyplotaspltimportpdbdefParserInput():parser=argparse.ArgumentParser(description='hotspot.space')

Thetoppanelshowsallofthegenesinthelocus.ThemarginallyTWASassociatedgenesarehighlightedinblue,andthosethatarejointlysignificant(inthiscase,FAM109B)highlightedingreen.Thestatisticsforthejointlysignificantgenesarerepo

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求一个最短序列，使得输入的两个串的均为他的子序列，同时输出方案数。  n+m-LCS方案数转移时求#include<iostream>#include<cstring>usingnamespacestd;#defineintlonglongintn,m;chara[102],b[102];intf[102][102],cnt[102][102];signedma

 什么是cancervulnerability？缺点，什么是CancerDependency？依赖什么是viability？生存什么是susceptibility？易感性什么是syntheticlethality？就是两个基因任何一个单独

前言基因组序列的提取，有不少强大的工具像samtools,bedtools，之前也提到pybedtools提取序列。不过pybedtools是对bedtools提供一个Python接口，除了安装pybedtools外，还需

文/ ​​王不留​​（微信公众号：考研英语笔记）BreedingabetterchickpeaThehumblechickpeahasbeensoaked,roastedandblendedforgenerations.Butagroupofsci

 历史分析：pathway是一个不得不研究的主体，比如我们的paper就给很多GOpathway的基因打分了，很简单就是一个求均值。关于complex的活性打分，就得使用几何平均，因为缺失任何