• 2024-09-11scanpy计算n_genes_by_counts和total_counts等质量控制指标
    利用scanpy计算adata的obs中的质量控制指标(n_genes_by_counts,total_counts等参数指标)⚠️注意:只是计算相关质量控制指标,并不会筛选/过滤数据。需要用的包:scanpy和anndata导入包和读取adata数据importanndataimportscanpyasscimportpandasaspdimportnumpyasnpa
  • 2024-07-03课前准备---HD数据结合图像识别获取真实的空间单细胞级数据
    作者,EvilGeniusHD数据不同于Xenium,目前还是横屏竖直的一刀切数据分析模式,但是真实的细胞绝对不是如此分布的,那么实际分析中,2um的精度配合图像的信息,获取真实的细胞分布数据,就成了分析的必须。多说一句,分析的准确性和超前化也是公司对核心分析人员的核心要求。如下如,我们最
  • 2024-06-20单细胞测序最好的教程(十):细胞类型注释迁移|万能的Transformer
    作者按本章节主要讲解了基于transformer的迁移注释方法TOSICA,该算法在迁移注释上达到了SOTA的水平,在注释这么卷的赛道愣是杀出了一条血路。本教程首发于单细胞最好的中文教程,未经授权许可,禁止转载。全文字数|预计阅读时间:3000|3min——Starlitnightly(星夜)1.背景迁移注释
  • 2024-06-20单细胞分析最好的教程(一):质量控制
    目前,国内对于单细胞测序分析的教程五花八门,百花齐放,一个合适且准确的pipeline对于分析是很有价值的。2023年在NatRevGenet上发表的一篇论文Bestpracticesforsingle-cellanalysisacrossmodalities,详细介绍了单细胞最佳实践的流程。但是,其在国内的推广有两个不足:(一)全英文教
  • 2024-01-08Understanding q-value and FDR in Differential Expression Analysis
     Understandingq-valueandFDRinDifferentialExpressionAnalysisDaqianIntroductiontoq-valueandFDRIndifferentialgeneexpressionanalysis,researchersareoftenconfrontedwiththechallengeofdistinguishingtruesignals—thosegenesthat
  • 2023-11-3017-有参转录组实战3-计算readcount和TPM表达量
     #本教程部分文件,来源B站15天入门生物信息教程“https://www.bilibili.com/video/BV1K44y1B7Dg/?spm_id_from=333.337.search-card.all.click&vd_source=19eea84b7c1e944fd3c6b3ccca066ade”#1,先将毛果杨的GFF格式的注释文件转换为GTF格式:condainstallgffreadgffread
  • 2023-09-20Tangram Tutorial 1:映射小鼠皮层 MOp 的 snRNAseq 数据到 Slide-seq2 数据
    写在前面学习一个软件最好的方法就是啃它的官方文档。本着自己学习、分享他人的态度,分享官方文档的中文教程。软件可能随时更新,建议配合官方文档一起阅读。推荐先按顺序阅读往期内容:文献篇:1.文献阅读:使用Tangram进行空间解析单细胞转录组的深度学习和比对:::block-1目
  • 2023-07-06scanpy 去批次pipeline
    1.脚本主要内容*批量读取下机数据*计算双细胞比例*BBKNN去除批次效应*去除细胞周期的影响*转换为seurat对象2.脚本点击查看代码importscanpyasscimportanndataasanimportpandasaspdimportnumpyasnpimportmatplotlibasmplimport
  • 2023-07-03hotspot
    点击查看代码importargparseimportscanpyasscimporthotspotimportnumpyasnpimportmplscienceimportmatplotlibimportmatplotlib.pyplotaspltimportpdbdefParserInput():parser=argparse.ArgumentParser(description='hotspot.space')
  • 2023-05-22post-GWAS: transcriptome-wide association studies (TWAS) 结果解读
    Thetoppanelshowsallofthegenesinthelocus.ThemarginallyTWASassociatedgenesarehighlightedinblue,andthosethatarejointlysignificant(inthiscase,FAM109B)highlightedingreen.Thestatisticsforthejointlysignificantgenesarerepo
  • 2023-05-01【Introductory Biology】Lecture 12 - Chemical Genetics 1 - Cell Division & Segregating Genetic Materia
    文章目录SlidesRefSlidescentraldogma中心法则…Andwe’regoingtostarttalkingabouthowinformationflowsbetweencells,sofromaparentcelltoitsdaughtercells.Andwe’realsogonnatalkabouthowinformationflowsfromgenerationtothenext.Andth
  • 2023-04-05Cyborg Genes UVA - 10723
    求一个最短序列,使得输入的两个串的均为他的子序列,同时输出方案数。  n+m-LCS方案数转移时求#include<iostream>#include<cstring>usingnamespacestd;#defineintlonglongintn,m;chara[102],b[102];intf[102][102],cnt[102][102];signedma
  • 2022-12-29癌症研究术语 | vulnerability | Dependency | viability | synthetic lethality
     什么是cancervulnerability?缺点,什么是CancerDependency?依赖什么是viability?生存什么是susceptibility?易感性什么是syntheticlethality?就是两个基因任何一个单独
  • 2022-11-09【pyfaidx】纯Python实现的FASTA随机索引库
    前言基因组序列的提取,有不少强大的工具像samtools,bedtools,之前也提到pybedtools提取序列。不过pybedtools是对bedtools提供一个Python接口,除了安装pybedtools外,还需
  • 2022-11-02鹰嘴豆:豆中之王 | 经济学人全球早报精选
    文/ ​​王不留​​(微信公众号:考研英语笔记)BreedingabetterchickpeaThehumblechickpeahasbeensoaked,roastedandblendedforgenerations.Butagroupofsci
  • 2022-08-18转录相关signalling pathway活性打分 | 常见打分系统
     历史分析:pathway是一个不得不研究的主体,比如我们的paper就给很多GOpathway的基因打分了,很简单就是一个求均值。关于complex的活性打分,就得使用几何平均,因为缺失任何