scanpy计算n_genes_by_counts和total_counts等质量控制指标

利用scanpy计算adata的obs中的质量控制指标（n_genes_by_counts,total_counts等参数指标）

⚠️注意：只是计算相关质量控制指标，并不会筛选/过滤数据。

需要用的包：scanpy和anndata
导入包和读取adata数据

import anndata
import scanpy as sc

import pandas as pd
import numpy as np


adata=anndata.read(file_address)
print(adata)
print(adata.obs)

使用方法

1. 计算质量控制指标n_genes_by_counts,total_counts等参数指标：log1p=False

sc.pp.calculate_qc_metrics(adata, percent_top=None, log1p=False, inplace=True)
print(adata)
print(adata.obs)

2. 如果需要log1p变换，即log1p_n_genes_by_counts和log1p_total_counts参数指标：log1p=True

sc.pp.calculate_qc_metrics(adata, percent_top=None, log1p=True, inplace=True)
print(adata)
print(adata.obs)

3. 如果需要计算线粒体基因的表达量，即total_counts_mt和pct_counts_mt参数指标：qc_vars=["mt"]

adata.var["mt"] = adata.var_names.str.startswith("MT-")
sc.pp.calculate_qc_metrics( adata, qc_vars=["mt"], percent_top=None, log1p=False, inplace=True)
print(adata)
print(adata.obs)