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    利用scanpy计算adata的obs中的质量控制指标(n_genes_by_counts,total_counts等参数指标)⚠️注意:只是计算相关质量控制指标,并不会筛选/过滤数据。需要用的包:scanpy和anndata导入包和读取adata数据importanndataimportscanpyasscimportpandasaspdimportnumpyasnpa
  • 2024-06-20【楔子】单细胞测序-最佳的分析Pipeline
    作者:starlitnightly日期:2023.07.14!!!note楔子从事单细胞分析也有一段时间了,国内大部分中文教程都是使用R语言进行分析,使用Python的还比较少,或者是直译scanpy的教程,不过scanpy可能已经比较旧了。在这里,我们参考了Singlecellbestpractice,希望能给国内的从业者带来一个完
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    为了能将scanpy的h5ad文件和seurat的sce文件互相转换,因为有些包只能在R里使用,所以得使用scdior,,这要控制scanpy的版本,我选择了scanpy1.8.1,官网还要控制seurat的版本但是出现报错,如下TypeError:metaclassconflict:themetaclassofaderivedclassmustbea(non-strict