import旧版本的scanpy1.8是TypeError

为了能将scanpy的h5ad文件和seurat的sce文件互相转换，因为有些包只能在R里使用，所以得使用scdior,，这要控制scanpy的版本，我选择了scanpy1.8.1，官网还要控制seurat的版本

但是出现报错，如下

TypeError: metaclass conflict: the metaclass of a derived class must be a (non-strict) subclass of the metaclasses of all its bases

先把matplotlib降到3.7版本以下，我选的是3.6，conda实际安装的是3.6.2

然后就又报错了SystemError: initialization of _internal failed without raising an exception

conda install numpy=1.23.5

然后这个会把matplotlib、scanpy也删除

这里再重新安装scanpy和 matplotlib

conda install -c conda-forge scanpy=1.8.1

然后又报错ImportError: cannot import name 'is_categorical' from 'pandas.api.types' (/share/home/dddd/.conda/envs/scdiopy/lib/python3.8/site-packages/pandas/api/types/__init__.py)

查找原因，发现

移除原来的pandas，这一步会同时移除matplotlib base以及scanpy

安装pandas=1.5.3

为何是1.5.3而不是1.9呢

因为

所以 conda install pandas=1.5.3

再按照上面的重新安装matplotlib以及scanpy

总之，scanpy=1.8.1需要pandas=1.5.3，numpy=1.23.5，matplotlib=3.6.2

现在就不报错了

但是读取h5ad文件出错AnnDataReadError: Above error raised while reading key '/layers' of type <class 'h5py._hl.group.Group'> from /.

这里需要升级anndata到0.8.0

conda install anndata=0.8.0 -c conda-forge

然后还报错是h5py的版本问题

pip install h5py==2.10.0

找到了一个scanpy=1.8.2的相关依赖包的CSDN博客，可以参考

https://blog.csdn.net/qq_52813185/article/details/128422965

最后安装diopy

pip install diopy