引言基因组编辑技术的出现，尤其是CRISPR-Cas9技术的问世，极大地推动了生物医学研究和基因治疗的发展。这一技术不仅为基础科学研究提供了强大的工具，也为治疗遗传性疾病、癌症以及某些病毒感染开辟了新的治疗思路。基因组编辑技术可以精准地修改生物体内的DNA，精确去除、替换或添

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。肠道菌群（gutmicrobiome）是影响宿主基因表达的表观遗传效应因子。最近的研究表明，宿主能够通过表观遗传变化影响其肠道菌群，包括影响免疫基因的宿主基因表达、肠道屏障功能以及通过非编码RNA的组蛋白和DNA修饰。对宿主生

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因，慢性肾脏病（Chronickidneydisease，CKD）是全球发病率和死亡率的主要原因之一。母体肥胖与系统性炎症和促炎细胞因子白细胞介素-6（Interleukin-6，IL-6）水平升高有关。此前研究证明妊娠期间母体IL-6增加会影响小鼠的宫内发育

葡萄是一种具有重要经济价值的多年生水果作物，可作为水果食用或作为酿造葡萄酒的原材料，已有逾万年的驯化历史[1]，并且在驯化过程中积累了大量的有害突变[1-3]。由于育种周期长，育种性状的遗传学研究不深入，遗传转化体系不成熟，尚未广泛应用多组学与人工智能等革命性技术，葡萄的生物育种

2024年7月，Genomics,Proteomics&Bioinformatics（GPB）在线发表了由中国农业大学王向峰教授团队撰写的题为“MachinelearningforAIbreedinginplants”的观点文章。机器学习（ML）使人工智能（AI）变得智能，ML先驱ArthurSamuel于1959年将其定义为“使计算机能够在无需明确

分享一篇2023年7月25日发表在MolecularPlant上的一篇综述文章：“Plantgenomeresequencingandpopulation genomics:Currentstatusandfutureprospects”，总结了植物基于群体的基因组重测序研究的进展以及这些研究对作物育种的影响。全文摘要这篇论文总结了植物基因组重

DNA损伤在生物学和疾病中起着至关重要的作用，而无碱基（AP）位点作为一种常见的DNA损伤类型，其基因组学特征仍未被充分探索。来自华侨大学医学院基因组学研究所的YeCai,  1HuifenCao,  2FangWang等多名研究人员发表了题为《Complexgenomicpatternsofabasicsitesinm

要找到基因组上特定位置，仅凭标记引物序列，可以采用以下几种方法：利用在线工具进行In-SilicoPCR：可以使用UCSCGenomeBrowser提供的In-SilicoPCR工具（http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr）进行在线分析。这个工具允许你输入引物序列，并在基因组数据库中搜索匹配的序列。它还会

本文是LLM系列文章，针对《OmniGenBench:AutomatingLarge-scalein-silicoBenchmarkingforGenomicFoundationModels》的翻译。OmniGenBench：基因组基础模型的大规模计算机基准测试自动化摘要1引言2OmniGenBench3基准结果4相关工作5结论摘要近年来人

将测序后的reads与组装好的基因组做alignment（校准），这个过程就被叫做mapping。Mapping之后生成的SAM/BAM文件，可以获取readsmapping回参考基因组的信息（比如mappingrate，coverage，depth），从而评估基因组组装的质量。1.Mapping工具readsmappingtoolsIlluminaDNA-seqreadsB

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。DNA甲基化在调控基因表达和睾丸发育中发挥重要作用。WGBS和RNA-Seq数据综合分析可以绘制DNA甲基化与基因表达关系的全面图谱，从而鉴定受甲基化影响的关键基因。如对小鼠睾丸组织中WGBS和RNA-Seq的分析揭示了与

导读：七月份，李恒开发的基因内容图谱构建软件——Pangene，以标题为：Exploringgenecontentwithpangenegraphs的论文论文形式一并发表，发表期刊为Bioinformatics杂志。该软件迎合了群体基因组学时代数据井喷的现状，而一定程度上分析工具和软件算法匮乏做出了有益地探索和补充。Pange

2024年9月18日，袁隆平农业高科技股份有限公司（以下简称“隆平高科”）发布投资者关系活动记录表显示，公司全面熟化运用水稻商业化育种信息化系统，进一步提升分子育种信息化，升级规范化、标准化的基因型鉴定流程和实验室信息管理系统，研发的全基因组选择模型已在长江流域杂交中籼水稻育种中

近期，德国波恩大学作物功能基因组实验室FrankHochholdinger教授和于鹏博士在Trends in PlantScience发表了题为Molecularconceptstoexplainheterosisincrops的综述文章，该文章以玉米为例深入探讨了杂种优势的分子机理，以及这一现象如何成为全球粮食安全的重要支柱。doi:

在育种计划中，品种测试占据了成本的很大一部分，预计这一成本将会持续增加。与此同时，基因分型的成本每年都在降低，而每个样本的信息量（数据点）却在显著增加。随着预测基因型表现及其与田间表现相关性的工具开发，基因组预测正成为常规育种计划中越来越受欢迎的组成部分，它将对植物育种产生

分享一篇近期发表在Bioinformatics上的文章：AssemblyQC:ANextflowpipelineforreproduciblereportingofassemblyquality，这是一个基因组组装质量评估的综合性流程，集合了准确性、连续性和完整性等多项指标（这是小编一直想做的事情，现有轮子，分享给你）。该流程基于nf（nextflo

近日，四川农业大学玉米研究所兰海教授团队在《FrontiersinPlantScience》上发表了题为“Genomicpredictionofyield-relatedtraitsandgenome-basedestablishmentofheteroticpatterninmaizehybridbreedingofSouthwestChina”的研究论文。论文系统总结了该团队利

分享一篇最近发表《NewPhytologist》上一篇文章：Genomicselectioninwesternredcedar:fromproofofconcepttooperationalapplication。文章主要研究了基因组选择（GS）在西部红杉（westernredcedar,WRC，即Thujaplicata）中的应用，从概念验证到实际操作的全过程。研究背景森林

UMI：单细胞测序过程中提高准确性的一种手段。唯一分子标记（UMI）是一种分子条形码，可以在测序过程中错误校正，提高准确性。这些分子条形码均为短序列，可特异性的标记样本文库中的每个分子。UMI可用于各种测序应用，许多是与DNA和cDNA的PCR重复相关的应用。RNA-seq基因表达分析和其他定

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。妊娠期间饮酒是导致儿童神经发育障碍的主要原因之一，高剂量饮酒可导致儿童出现认知、行为和神经发育障碍，但目前对于低至中等饮酒水平的影响尚不完全清楚。DNA甲基化是一种表观遗传机制，涉及在碳-1代谢过程中向胞嘧啶碱

近期，RajeevK.Varshney团队在Naturegenetics发表综述文章：Unlockingplantgeneticswithtelomere-to-telomeregenomeassemblies。摘要连续基因组序列组装将帮助我们实现作物转化基因组学的全面潜力。最近在测序技术方面的进步，尤其是长读长测序策略，使得构建无间隙的端粒到端粒（T

首个豌豆大规模群体基因组与GWAS见刊今天，浙江省农科院与浙江大学联合在NatureGenetics（NG）上发表豌豆群体基因组文章：ReferencegenomesequenceandpopulationgenomicanalysisofpeasprovideinsightsintothegeneticbasisofMendelianandotheragronomictraits。首次

Liftoff是一个可以准确根据同一物种或近缘物种基因组进行基因注释映射的工具（与liftOver进行不同基因组版本的染色体位置转换有点类似）。该工具仅需两个基因组序列和参考基因组的基因注释文件即可进行基因注释。Liftoff使用minimap2将参考基因组的基因序列与目标基因组比对，这样的好

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。DNA甲基化是一种在植物和哺乳动物中保守的表观遗传标记，对生长、发育、疾病和寿命具有重要作用。植物和动物基因组中DNA甲基化的主动获得或丢失，以及DNA甲基化水平变化可能导致减数分裂稳定的表观遗传变异，这些变异产生

全基因组预测（或全基因组选择）在缩短动植物育种周期、提高育种效率等方面起到越来越重要的作用。在以往的研究中，通常只有基因组序列信息被用于全基因组预测中，但植物复杂性状的形成受到多个维度的遗传信息调控，包括基因组序列、基因转录调控、基因甲基化修饰、染色体三维结构与修饰等