Liftoff：基于参考基因组的基因组注释

Liftoff 是一个可以准确根据同一物种或近缘物种基因组进行基因注释映射的工具（与liftOver进行不同基因组版本的染色体位置转换有点类似）。该工具仅需两个基因组序列和参考基因组的基因注释文件即可进行基因注释。

Liftoff使用minimap2将参考基因组的基因序列与目标基因组比对，这样的好处是，即使两个基因组间存在许多结构上的差异，也可将基因结构鉴定出来。对于每一个鉴定的基因，Liftoff找到外显子区的比对，并使序列的一致性最大，同时保留转录本和基因结构。如果两个基因错误地比对到同一个位点，Liftoff会确定最好基因结构。此外，Liftoff还可以找到在目标基因组中存在而在参考基因组中不存在的基因拷贝。

详细用法见Github：https://github.com/agshumate/Liftoff

使用

liftoff -g ref.genome.gff3 \  #参考基因组的注释文件
        -o output.genome.gff3 \ #想要注释的基因组输出的注释文件
        -p 8 \ #线程数
        -chroms chr.map \ #两个基因组的染色体对应文件(为提高基因映射的准确性)
        -u ./unmap.txt \ #未匹配到的基因日志文件
        target.genome.fa \ #需要匹配的基因组
        ref.genome.fa #参考基因组

不知道liftoff鉴定基因间的同源对应关系的准确性与blast系列软件比如何？比较过的同学可在下方留言交流。

作者：生物信息与育种，请关注同名微信公众号：生物信息与育种。