- 2024-11-21鸿蒙NEXT开发案例:血型遗传计算
【引言】血型遗传计算器是一个帮助用户根据父母的血型预测子女可能的血型的应用。通过选择父母的血型,应用程序能够快速计算出孩子可能拥有的血型以及不可能拥有的血型。这个过程不仅涉及到了简单的数据处理逻辑,还涉及到UI设计与交互体验的设计。【环境准备】•操作系统:Win
- 2024-11-1804-转录组下游分析-标准化、聚类、差异分析
准备工作1.数据标准化标准化前需要进行数据预处理过滤低表达的基因,并检查是否有异常样本以下是常见的几种过滤方式(过滤的标准都可以自己调整)1:在至少在75%的样本中都表达的基因(表达是指在某个样本中count值>0)2:过滤平均值count<10的基因3:过滤平均cpm<10的基因为什么
- 2024-11-18易基因:华中农大周道绣团队利用BS-seq揭示水稻雄性配子发生过程DNA甲基化重编程机|Genome Biol
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。在开花植物中,DNA甲基化在配子和合子中部分重编程,但其在植物配子发生过程中的时机和功能意义尚不清楚。DNA甲基化在抑制转座元件(TE)和相关序列中起着关键作用,对于基因表达调控至关重要。近日,华中农业大学周道绣教授团
- 2024-11-17零基础入门转录组下游分析——基因Wilcoxon秩和检验
零基础入门转录组下游分析——基因Wilcoxon秩和检验目录零基础入门转录组下游分析——基因Wilcoxon秩和检验1.单基因Wilcoxon秩和检验的基础知识2.基因Wilcoxon秩和检验(Rstudio)——代码实操2.1数据处理2.2基因Wilcoxon秩和检验2.3Wilcoxon秩和检验简单可视化3.
- 2024-11-14基因组编辑与CRISPR技术:基因治疗的革命性突破
引言基因组编辑技术的出现,尤其是CRISPR-Cas9技术的问世,极大地推动了生物医学研究和基因治疗的发展。这一技术不仅为基础科学研究提供了强大的工具,也为治疗遗传性疾病、癌症以及某些病毒感染开辟了新的治疗思路。基因组编辑技术可以精准地修改生物体内的DNA,精确去除、替换或添
- 2024-11-05致病性-可能致病-良性-可能良性-意义不明CNV分类原则
CNV分类按照国际标准,CNV可分为致病、可能致病、临床意义不明确、可能良性、良性五类,判断主要依据包括CNV是否涵盖蛋白编码基因或重要调控元件,蛋白编码基因的数量及所含基因或区域的剂量敏感性、文献报道、ClinVar、ClinGen、DECIPHER、OMIM等数据库报道情况、实验室内部数
- 2024-11-05易基因:多组学分析揭示围产期IL-6动物模型肾脏发育过程中的DNA甲基化+基因表达调控网络|Cells
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因,慢性肾脏病(Chronickidneydisease,CKD)是全球发病率和死亡率的主要原因之一。母体肥胖与系统性炎症和促炎细胞因子白细胞介素-6(Interleukin-6,IL-6)水平升高有关。此前研究证明妊娠期间母体IL-6增加会影响小鼠的宫内发育
- 2024-11-05合成生物学:工程化生命科学的前沿探索
合成生物学(SyntheticBiology)是结合生物学、工程学、计算科学等多学科的一门新兴技术,旨在利用工程化设计的方式来改造和构建生物系统。与传统的生物技术不同,合成生物学不仅关注理解自然生物系统,更侧重于通过基因编辑、分子设计等手段,从头构建新的生物元件或有机体。这一领域的
- 2024-11-04GPB | 王向峰综述:机器学习技术驱动植物AI育种
2024年7月,Genomics,Proteomics&Bioinformatics(GPB)在线发表了由中国农业大学王向峰教授团队撰写的题为“MachinelearningforAIbreedinginplants”的观点文章。机器学习(ML)使人工智能(AI)变得智能,ML先驱ArthurSamuel于1959年将其定义为“使计算机能够在无需明确
- 2024-11-04育种 4.0 与人工智能在作物改良中的应用概述
植物育种历经数千年演变,从古代的基础选择策略发展到如今的育种4.0阶段,旨在增强作物多样性和保障粮食安全。面对气候变化、人口增长和耕地有限等挑战,人工智能(AI)成为关键解决方案。本综述探讨了植物育种的历史进程,阐述了AI在作物改良各方面的应用及其重要作用,强调了其对培育适应全球
- 2024-11-04Mol Plant | 程时锋综述:植物基因组重测序与群体基因组学
分享一篇2023年7月25日发表在MolecularPlant上的一篇综述文章:“Plantgenomeresequencingandpopulation genomics:Currentstatusandfutureprospects”,总结了植物基于群体的基因组重测序研究的进展以及这些研究对作物育种的影响。全文摘要这篇论文总结了植物基因组重
- 2024-11-04Nat. Genet | 中农董朝斌团队揭示玉米驯化基因tsh4在株型和穗型发育中的调控作用
在玉米从其祖先大刍草驯化而来的8000至10000年历史中,其株型和穗型经历了显著的演变。尽管株型和穗型分别与营养器官和生殖器官相关,但它们在发育过程中有着紧密的联系和共同的遗传基础。尽管已知几个关键基因如_tb1、tga1、tru1、gt1_在玉米驯化中起作用,但这些基因如何协同调控株型
- 2024-11-04Cell Res | 首个知识与数据联合驱动的跨物种生命基础大模型GeneCompass:解析基因调控密码,打造干湿融合新范式
近年来,大语言模型(LLMs)已在自然语言、计算机视觉等通用领域引发了新一轮技术革命,通过大规模语料和模型参数进行预训练,LLMs能够掌握语言的共性规律,能够对多种下游任务产生质的提升,已经形成了新的人工智能范式。在生命科学领域,单细胞组学技术的突破产生了大量不同物种细胞的基因表达
- 2024-10-29易基因:Aging Cell/IF8:卵巢发育和衰老的m6A 甲基化揭示RNA稳定性和染色质状态调控
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。卵巢是女性重要的生殖器官,也是最早表现出衰老迹象的器官之一,通常在35岁左右开始,卵巢衰老(ovarianaging,OA)是导致与年龄相关的不孕问题的重要因素,包括卵泡数量和卵子质量的逐渐下降,对女性生育能力构成威胁。m6A是一种普
- 2024-10-23SpatialDB:让空间转录组数据可视化
SpatialDB:让空间转录组数据可视化原创修改于 2021-08-3115:30:101.3K0举报文章被收录于专栏:国家基因库生命大数据平台2019年11月,来自中国科学院生物物理研究所高通量测序中心的研究人员发布第一个单细胞空间转录组数据库及数据在线可视化平台:Spatial
- 2024-10-21零基础入门转录组下游分析——数据处理(TCGA数据库)
零基础入门转录组下游分析——数据处理(TCGA数据库)目录零基础入门转录组下游分析——数据处理(TCGA数据库)1.数据集获取2.数据处理(Rstudio)TCGA应该是肿瘤数据最权威的来源之一,但是从TCGA上下载数据集相对来说比较麻烦,因此出现了很多针对TCGA数据进行二次开发的衍生
- 2024-10-17易基因:DNA甲基化+转录组综合分析鉴定调控猪睾丸发育的潜在基因|附经典研究思路
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。DNA甲基化在调控基因表达和睾丸发育中发挥重要作用。WGBS和RNA-Seq数据综合分析可以绘制DNA甲基化与基因表达关系的全面图谱,从而鉴定受甲基化影响的关键基因。如对小鼠睾丸组织中WGBS和RNA-Seq的分析揭示了与
- 2024-10-16流程升级----空间CNV分析流程升级
作者,EvilGenius这一篇我们要继续升级我们的分析流程了,对于空间CNV分析,拿到如下的结果:我们需要借助inferCNV+python的力量实现这个目标。空间转录组的CNV(拷贝数变异)分析是一项通过空间基因表达数据来推测基因组拷贝数变异的技术。CNV分析可以帮助我们理解肿瘤或其他
- 2024-10-06关于基因功能及其调控研究的一些套路
我们团队本身有做基因功能研究出身的,也了解一点分子实验方面的套路。但在这一领域,我们不打算延伸,因为已经有很多公众号做得非常好了,比如说伯远生物。推荐几篇伯远发布的相关文章,希望喂饱你的收藏夹,吃吃灰。基因功能研究的那些套路你知道多少?(上)基因功能研究的那些套路你知道
- 2024-10-06Pangene:李恒开发泛基因图谱构建工具——探索群体基因组时代研究新方向
导读:七月份,李恒开发的基因内容图谱构建软件——Pangene,以标题为:Exploringgenecontentwithpangenegraphs的论文论文形式一并发表,发表期刊为Bioinformatics杂志。该软件迎合了群体基因组学时代数据井喷的现状,而一定程度上分析工具和软件算法匮乏做出了有益地探索和补充。Pange
- 2024-10-06Trends in Plant Sci.综述:作物杂种优势的分子解析
近期,德国波恩大学作物功能基因组实验室FrankHochholdinger教授和于鹏博士在Trends in PlantScience发表了题为Molecularconceptstoexplainheterosisincrops的综述文章,该文章以玉米为例深入探讨了杂种优势的分子机理,以及这一现象如何成为全球粮食安全的重要支柱。doi:
- 2024-10-06GB | Seqrutinator:一个用于鉴定和去除非功能性序列的基因家族分析流程
分享一篇近期发表在GenomeBiology上 的一个基因家族分析软件:Seqrutinator。该软件用于识别和去除基因家族数据集中的无功能基因,包括假基因、测序错误、基因结构错误、比对错误等,从而避免基因家族鉴定中的假阳性结果,进一步确保基因家族注释的准确性,以便于后续系统发育分析和功
- 2024-09-30CopyKAT
UMI:单细胞测序过程中提高准确性的一种手段。唯一分子标记(UMI)是一种分子条形码,可以在测序过程中错误校正,提高准确性。这些分子条形码均为短序列,可特异性的标记样本文库中的每个分子。UMI可用于各种测序应用,许多是与DNA和cDNA的PCR重复相关的应用。RNA-seq基因表达分析和其他定
- 2024-09-28基因功能探索:DAP-seq技术如何简化研究流程
探索基因奥秘:DNA亲和纯化测序技术与组蛋白甲基化研究的新纪元在生物科学的世界中,基因的研究一直是一个神秘而深奥的领域。随着科技的不断进步,我们对基因的探索工具也在不断革新。今天,我们要为大家介绍两种前沿的技术:DNA亲和纯化测序(DAP-seq)和组蛋白甲基化修饰工具(H3K4me3Ch