Resistify是一个用于快速且准确地注释植物中的NLRs（Nucleotide-binding domain Leucine-rich Repeat，核苷酸结合域富含亮氨酸重复序列）并提供准确结构分类的工具。NLRs是植物先天免疫系统的关键组成部分，具有显著的存在/缺失变异和序列多样性。Resistify的开发旨在克服现有NLR预测工具在准确性、速度和可用性方面的限制。
Github：
https://github.com/SwiftSeal/resistify
使用：
# install
conda install -c bioconda resistify #pip install resistify
# usage
resistify <input.fa> <output_directory>
结果目录：
results.tsv - 包含 Resistify 主要结果的表。
motifs.tsv - 为每个序列标识的所有 NLR 基序的表格。
domains.tsv - 为每个序列标识的所有域的表。
nbarc.fasta - 识别的所有 NB-ARC 域的 fasta 文件。
论文里总结了目前用于注释NLRs基因的流程：
以下是文章的主要内容总结：
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背景：NLRs在植物基因组中具有高度的多样性，并且与病原体因子的检测和免疫反应的引发密切相关。NLRs的准确识别对于理解它们的功能和识别潜在的抗病性来源至关重要。
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Resistify工具：这是一个基于Python的命令行工具，使用定制的HMMs（隐马尔可夫模型）来识别NLRs的不同结构域，包括CC、RPW8、TIR、NB-ARC、C-JID和MADA等。Resistify能够合并重叠或接近的相同类型结构域，并且可以正确地对NLRs进行分类。
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性能评估：通过与RefPlantNLR数据库的比较，Resistify显示出高度的灵敏度和准确性，尤其是在分类具有挑战性的CNL亚家族方面。此外，它还能够在Araport11蛋白质组中识别和分类NLRs，并且成功地检索NB-ARC结构域注释，用于系统发育分析。
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应用实例：文章展示了Resistify在Solanum泛基因组中的使用，其中包括了对18个连续Solanum基因组的处理，预测基因、识别同源基因，并使用Resistify对NLRs进行分类。
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发现：在Solanaceae基因组中，NLRs与Helitron转座元件之间存在以前未描述的关联。此外，Resistify未能复制之前观察到的LTR（长末端重复序列）与NLRs在Solanaceae中的广泛关联，这可能与基因和TE注释以及NLR分类的差异有关。
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结论：Resistify是一个高效、易于使用的工具，适用于识别新的抗性基因，并且可以轻松集成到工作流程中，适用于大规模的泛基因组实验。
文章还包含了对Resistify性能的详细评估，以及它在植物基因组研究中的潜在应用。