1. abagen 使用教程的官方链接:abagen: A toolbox for the Allen Brain Atlas genetics data — abagen 0.1.3-doc+0.g2aeab5b.dirty documentation
2. 在安装abagen之前先提前安装好一下的包
window系统操作步骤:
(1)安装好python(假如安装在E盘, E:\python\)
(2)win+R打开任务管理器,输入cmd进入终端
(3)定位到python的”Scripts“文件路径:首先在终端输入E:,然后回车,接着输入 cd E:\python\Scripts (后续使用pip命令安装时都需要先cd到这个路径下)
(4)使用pip install命令一次将以上的包安装好:在终端输入: pip install numpy ,安装成功后继续安装下一个,pip nibabel,依次类推......
(5)额外下载另一个包setuptools,后续安装abagen需要,终端输入命令:pip install setuptools
(6)进入GitHub链接,下载最新的abagen包(虽然也可以通过命令 pip install abagen下载,但是这种方法下载的abagen有时候可能不是最新的,在后续使用的时候会遇到一些bug,所以最好还是通过GitHub下载,一劳永逸)
(如果GitHub链接失效,也可以直接浏览器搜索页面搜索: GitHub abagen)
(7)下载文件压缩包并解压(假设解压在这个路径下 E:\abagen-main)
(8)再次进入终端,定位到上面解压文件的路径(即定位到有setup.py这个文件的路径下):第一步终端输入E:;回车接着输入cd E:\software\abagen-main
(9)安装abagen,输入以下命令:python setup.py install
大功告成!
标签:GitHub,python,基因图谱,install,pip,Allen,abagen,安装 From: https://www.cnblogs.com/sofzero/p/18384966