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Allen基因图谱:python Aabgen的安装

时间:2024-09-02 17:18:19浏览次数:11  
标签:GitHub python 基因图谱 install pip Allen abagen 安装

1. abagen 使用教程的官方链接:abagen: A toolbox for the Allen Brain Atlas genetics data — abagen 0.1.3-doc+0.g2aeab5b.dirty documentation

2. 在安装abagen之前先提前安装好一下的包

window系统操作步骤:
(1)安装好python(假如安装在E盘, E:\python\)

(2)win+R打开任务管理器,输入cmd进入终端

(3)定位到python的”Scripts“文件路径:首先在终端输入E:,然后回车,接着输入 cd E:\python\Scripts (后续使用pip命令安装时都需要先cd到这个路径下)

(4)使用pip install命令一次将以上的包安装好:在终端输入: pip install numpy ,安装成功后继续安装下一个,pip nibabel,依次类推......

链接:abagen: A toolbox for the Allen Brain Atlas genetics data — abagen 0.1.4+15.gdc4a007.dirty documentation

(5)额外下载另一个包setuptools,后续安装abagen需要,终端输入命令:pip install setuptools

(6)进入GitHub链接,下载最新的abagen包(虽然也可以通过命令 pip install abagen下载,但是这种方法下载的abagen有时候可能不是最新的,在后续使用的时候会遇到一些bug,所以最好还是通过GitHub下载,一劳永逸)

GitHub 链接:GitHub - rmarkello/abagen: A toolbox for working with Allen Human Brain Atlas microarray expression data

(如果GitHub链接失效,也可以直接浏览器搜索页面搜索: GitHub abagen)

(7)下载文件压缩包并解压(假设解压在这个路径下 E:\abagen-main)

(8)再次进入终端,定位到上面解压文件的路径(即定位到有setup.py这个文件的路径下):第一步终端输入E:;回车接着输入cd E:\software\abagen-main

(9)安装abagen,输入以下命令:python setup.py install

大功告成!

 

标签:GitHub,python,基因图谱,install,pip,Allen,abagen,安装
From: https://www.cnblogs.com/sofzero/p/18384966

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