首页 > 其他分享 >SNP间的上位效应

SNP间的上位效应

时间:2023-10-15 10:34:20浏览次数:36  
标签:GWAS 表型 效应 上位 SNP b3

传统的全基因组关联分析(GWAS)计算的是单个SNP与表型的相关性,除此之外,我们还可以进行SNP之间的互作效应与表型的相关性分析。

上位效应的公式为:Y ~ b0 + b1.A + b2.B + b3.AB + e

Y为表型,A和B分别为两个变异位点,在GWAS中通常指SNP,如果b3为显著,则说明存在上位效应。

 

 

REF

https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/13813946.html

 

标签:GWAS,表型,效应,上位,SNP,b3
From: https://www.cnblogs.com/emanlee/p/15336390.html

相关文章

  • sprintf、snprintf、vsprintf、asprintf、vasprintf函数
    1.sprintfexternintsprintf(char*__restrict__s,constchar*__restrict__format,...);2.snprintf/*MaximumcharsofoutputtowriteinMAXLEN.*/externintsnprintf(char*__restrict__s,size_t__maxlen,......
  • 标准加性遗传效应模型
    首先,从“遗传效应”开始说起。想象一下,你有一堆乐高积木,每块都有它特定的颜色和形状。如果你要建一个小房子,每块乐高的选择都会影响房子的最终外观。同样地,每个生物体都由许多基因组成,每个基因都对这个生物的某些特性有所影响。这种影响我们称之为“遗传效应”。现在,进入“加性......
  • WPF 上位机软件 开发小技巧
    本文长期更新... 1.鼠标按下拖拽窗体 自定义窗体的界面,右键按下鼠标后,可移动窗体的代码注册 MouseLeftButtonDown事件///<summary>///鼠标左键点击可移动窗体///</summary>///<paramname="sender"></param>///<par......
  • 使用snpeff软件构建本地注释库
     001、软件下载官网:https://pcingola.github.io/SnpEff/ 下载,然后解压:(base)[root@pc1software]#wget-chttps://snpeff.blob.core.windows.net/versions/snpEff_latest_core.zip##下载--2023-10-0605:03:27--https://snpeff.blob.core.windows.net/v......
  • R语言用线性混合效应(多水平/层次/嵌套)模型分析声调高低与礼貌态度的关系|附代码数据
    全文下载链接:http://tecdat.cn/?p=23681最近我们被客户要求撰写关于线性混合效应的研究报告,包括一些图形和统计输出。线性混合效应模型与我们已经知道的线性模型有什么不同 ( 点击文末“阅读原文”获取完整代码数据******** ) ?线性混合模型(有时被称为"多层次模型"或"层次......
  • 生信教程:使用全基因组SNP数据进行ABBA-BABA分析
    动动发财的小手,点个赞吧!简介ABBABABA统计(也称为“D统计”)为偏离严格的分叉进化历史提供了简单而有力的测试。因此,它们经常用于使用基因组规模的SNP数据(例如来自全基因组测序或RADseq)来测试基因渗入。在本次实践中,我们将结合使用可用软件和一些用R从头编写的代码来执行......
  • 拓端tecdat|R语言贝叶斯非参数模型:密度估计、非参数化随机效应meta分析心肌梗死数据|
    原文链接:http://tecdat.cn/?p=23785原文出处:拓端数据部落公众号最近我们被客户要求撰写关于贝叶斯非参数模型的研究报告,包括一些图形和统计输出。概述最近,我们使用贝叶斯非参数(BNP)混合模型进行马尔科夫链蒙特卡洛(MCMC)推断。在这篇文章中,我们通过展示如何使用具有不同内核的非......
  • 《安富莱嵌入式周报》第303期:微软推出嵌入式安全物联网RTOS CHERIoT,超强的产品级开源
     更新一期视频教程:DSP视频教程第11期:插补算法,曲线拟合丝滑顺畅,统计函数和基础函数加速实现,汇集SIMD,饱和和MAC乘累加应用实战(2023-02-12)视频版:https://www.bilibili.com/video/BV17j411N7Cr/ 1、微软推出嵌入式安全物联网RTOSCHERIoT知识补充:CHERI的全称是CapabilityHardware......
  • 【直播回顾】应对数智化时代下SAP用户的系统转型挑战——SNP TDO
    “京西重工通过20天的项目周期,实现了将SAPECC系统2.5T的总数据量,按13个月以时间切片方式刷新测试数据。存储和管理成本降低多达80%、测试数据量减少70%、生产系统零停机。”  “海尔日日顺历经不到3个月的时间,将70多家公司代码从海尔源系统拆分迁移至新系统。”2023年8月31日,在......
  • java中Mysql Insert 的高效应用
    在Java中,使用MySQL进行高效的插入操作可以采取以下几种方法:1.使用批量插入:通过使用批量插入语句,可以一次性插入多条数据,减少与数据库的交互次数,提高插入效率。可以使用JDBC的`addBatch()`方法将多个插入语句添加到批处理中,然后使用`executeBatch()`方法执行批处理。2.使用预编译......