10X
  • 2024-06-10关于10X HD和visium数据整合分析以及HD解卷积RCTD的运用
    作者,EvilGenius最近的粉丝我发现都很有钱啊,HD、Xenium项目都上了,都开始问我HD需不需要整合这样的问题了。以及HD需不需要解卷积的问题。我们这一篇就来回答一下这个分析。关于整合的分析,公司内部在开流程架构会议的时候,深入讨论过,关于Xenium没什么争议,毕竟做了细胞分割、注
  • 2024-06-0610X空间转录组数据分析之CNV轨迹层级
    作者,EvilGenius今天我们要完成一项工程,那就是CNV层级轨迹,如下图:首先来看一下什么是CNV谱系拷贝数变异(CNVs)在细胞增殖过程中在基因组中积累,提供了系统发育谱系的特征。通过转录组数据上使用intercnv生成CNV谱,能够以空间和时间分辨率跟踪克隆系统发育。文章空间转录组数
  • 2024-02-16所有十进制数位中不含2的正整数的倒数和
    \(x\ge1\),首先证明个简单的引理:\[\frac1x>\frac9{10}(\sum_{i=0}^9\frac1{10x+i}-\frac1{10x+2})\]不妨设\[f(x)=\frac1x((\sum\limits_{i=0}^9\frac1{10x+i})-\frac1{10x+2})\\f(x)=\frac{4536+211284x+2812995x^2+17430700x^3+59386250x^4+11
  • 2024-02-04使用CAN通信遇到的一些问题汇总
    由于我当时调试的时候,没有多余的板子来做CAN对端。在单端CAN调试发送信息时遇到过下面几种问题:1.CAN_ESR=0x03(ACK错误)2. CAN_ESR=0x04(隐性位错误)3. CAN_ESR=0x05(显性位错误) 后来使用回环测试,进行自发自收,排除程序本身的问题。回环测试的方法有两种,一种是你在配置CAN的
  • 2023-10-31单细胞测序 10x genomics
     单细胞转录组从研究方向看上,发育生物学、免疫、神经生物学、肿瘤是排名靠前的方向,这和我们平时遇到的高频研究方向基本吻合。另外,作为一个新兴的领域,10X单细胞转录组检测到细胞多,数据庞大,信息复杂,对数据分析带来诸多困难,因此算法类的文章(Computationalmethod)也高达76篇。从物种
  • 2023-10-31空间转录组测序 概述
    空间转录组测序概述在多细胞生物中,单个细胞的基因表达严格按特定的时间和空间顺序发生,即基因表达具有时间特异性和空间特异性。时间特异性可以通过对不同时间点的样本取材,使用单细胞转录组测序技术来解析时间维度上细胞类型和基因表达模式。空间特异性信息则相对较难获得。常规转
  • 2023-08-2510x系统评价方法
    时钟频率法:以时钟频率高低衡量速度指令执行速度法:表示机器运算速度的单位MIPS等效指令速度法:特点,考虑指令比例不同的问题数据处理速率法:特点:考虑CPU+存储综合理论性能法CTP:基准程序法:把应用程序中用得最多、最频繁的那部分核心程序作为评估计算机系统的标准程序,称为基准测
  • 2023-06-26如何成为10x倍工程师
    10倍效率+10x的工程师很难找,但是-10x工程师是存在的。所谓-10x工程师,就是每周要浪费团队400个小时的工程师。他有以下特征:创造无效的繁忙工作,比如演示文稿、图表、工单管理,以及毫无意义的流程。鼓励工程师追求优雅而不是实用主义。确保没有人有权做出任何决定。写
  • 2023-02-06DeepFlow AutoTagging 10x 性能提升实战
    为了探究云原生应用系统的内部状态,我们希望向观测数据中注入尽量丰富的标签,这些标签以往通过开发人员手动在代码中注入,或通过配置Promtheus、OpenTelemetry实现,一方面造成
  • 2022-12-23单细胞数据 mkfastq | 10x Genomics
     除了刚接触10x的那会儿,还真没怎么亲自倒腾过fastq的制作。正常从测序商那里拿到的应该是bcl的原始数据,需要自己做一步bcl2fastq。后面大家都觉得这一步太麻烦了,没必要
  • 2022-11-2510X Single Cell: Specifying Input FASTQs error
    使用以下命令时出现的报错:cellrangercount--fastqs=${fastq_dir}\--transcriptome=${ref_dir}/Human_index\--localcores=30\--sample=f