使用以下命令时出现的报错：
cellranger count --fastqs=${fastq_dir} \
--transcriptome=${ref_dir}/Human_index \
--localcores=30 \
--sample=file1,file2 \
--id=disease
报错原因是我的fa文件命名方式为：
file1_1.fastq.gz, file1_2.fastq.gz
file2_1.fastq.gz, file2_2.fastq.gz
但是 cellranger 要求的 fastq 标准命名方式为：
[Sample Name]_S1L00[Lane Number]_[Read Type]_001.fastq.gz
Where Read Type is one of:
I1: Sample index read (optional)
I2: Sample index read (optional)
R1: Read 1
R2: Read 2
因此只需要把file1_1.fastq.gz, file1_2.fastq.gz,file2_1.fastq.gz, file2_2.fastq.gz 改为 cellranger 要求的 fastq 标准命名方式即可。
修改以后变为：
file1_S1_L001_R1_001.fastq.gz, file1_S1_L001_R2_001.fastq.gz
file2_S1_L001_R1_001.fastq.gz, file2_S1_L001_R2_001.fastq.gz
重命名后再跑以下脚本就没有问题了
cellranger count --fastqs=${fastq_dir} \
--transcriptome=${ref_dir}/Human_index \
--localcores=30 \
--sample=file1,file2 \
--id=disease