除了刚接触10x的那会儿，还真没怎么亲自倒腾过fastq的制作。
正常从测序商那里拿到的应该是bcl的原始数据，需要自己做一步bcl2fastq。
后面大家都觉得这一步太麻烦了，没必要，所以大部分测序商也就自己做了。
这也是对的，生信分析的起点是fastq，不应该是bcl，数据保存的最原始格式也应该是压缩了的fastq，而不是过于原始的bcl。
现在有批data，fastq被搞不见了，只有原始的bcl还保存着，于是就要回来了自己转fastq。
10x的每一个工具都有自己的mkfastq的教程
运行代码后发现我的BCL文件居然也不是完整的。
一个标准的bcl目录必须包含以下文件：
cellranger-tiny-bcl-1.2.0 ├── Config │ ├── h35kcbcxy_Oct-20-16\ 15-51-48_Effective.cfg │ ├── HiSeqControlSoftware.Options.cfg │ ├── RTAStart.bat │ └── Variability_HiSeq_C.bin ├── Data │ └── Intensities ├── InterOp │ ├── ControlMetricsOut.bin │ ├── CorrectedIntMetricsOut.bin │ ├── ErrorMetricsOut.bin │ ├── ExtractionMetricsOut.bin │ ├── ImageMetricsOut.bin │ ├── QMetricsOut.bin │ └── TileMetricsOut.bin ├── RTAComplete.txt ├── RunInfo.xml └── runParameters.xml
参考：
标签：bin,Genomics,mkfastq,bcl,cellranger,fastq,10x From： https://www.cnblogs.com/leezx/p/16999877.html