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gatk中的 GenomicsDBImport 模块

时间:2022-12-02 10:11:18浏览次数:42  
标签:tmp GenomicsDBImport vcf -- SRR21814514 模块 gatk

 

官网:https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/5358869876891-GenomicsDBImport

 

001、一般用法,变异检测库

gatk --java-options "-Xmx4g -Xms4g" GenomicsDBImport -V SRR21814509.g.vcf -V SRR21814514.g.vcf --genomicsdb-workspace-path my_database --tmp-dir /public/home/b20223040323/tmp -L NC_003070.9

 

 

002、-L参数可以指定多条染色体

gatk --java-options "-Xmx4g -Xms4g" GenomicsDBImport -V SRR21814509.g.vcf -V SRR21814514.g.vcf --genomicsdb-workspace-path my_database --tmp-dir /public/home/b20223040323/tmp -L chr.list

 

标签:tmp,GenomicsDBImport,vcf,--,SRR21814514,模块,gatk
From: https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/16943561.html

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