• 2024-09-26教授(优青)团队一站式指导:专业实验设计、数据分析、SCI论文辅助。基因表达分析、转录因子、组蛋白、染色质、DNA等高通量检测及基因功能分析
    可高通量检测组蛋白不同修饰在基因组上的位点;可用于模式物种和非模式物种的研究,无需特异性抗体;完整的DAP-seq解决方案。DAP-seq可高通量检测转录因子或DNA结合蛋白在基因组上的结合位点;可用于模式物种和非模式物种的研究,无需特异性抗体;完整的基因功能分析解决方案
  • 2024-09-12科研绘图系列:R语言扩展物种堆积图(Extended Stacked Barplot)
    介绍R语言的扩展物种堆积图是一种数据可视化工具,它不仅展示了物种的堆积结果,还整合了不同样本分组之间的差异性分析结果。这种图形表示方法能够直观地比较不同物种在各个分组中的显著性差异,为研究者提供了一种有效的数据解读方式。加载R包knitr::opts_chunk$set(warning
  • 2024-08-01比较基因组学流程
    1、OrthoFinder教程 用于比较基因组学的系统发育直系学推断1.1orthofinder介绍OrthoFinder是一种快速、准确和全面的比较基因组学分析工具。它可以找到直系和正群,为所有的正群推断基因树,并为所分析的物种推断一个有根的物种树。OrthoFinder还为比较基因组分析提供全面的统计
  • 2024-07-23基于R语言BIOMOD2 及机器学习方法的物种分布模拟与案例分析
    目录第一章、引入和理论基础第二章、数据获取与预处理第三章、模型的建立与评估第四章、模型优化与多模型集成第五章、结果分析和案例研究BIOMOD2是一个R软件包,用于构建和评估物种分布模型(SDMs)。它集成了多种统计和机器学习方法,如GLM、GAM、SVM等,允许用户预测和分析物
  • 2024-07-18拓扑排序 + 习题
    P4017最大食物链计数 题目链接:https://www.luogu.com.cn/problem/P4017题意:给你一个食物网,求出这个最大食物链的数量最大食物链定义为左端不会捕食其他捕食者,最右端不会被捕食.解释看例子第1行nm表示生物种类n和吃和被吃的关系m接下来m行AB表示A被B吃...
  • 2024-07-03基于R语言BIOMOD2 及机器学习方法的物种分布模拟与案例分析------生物多样性保护、气候变化影响评估和入侵物种管理
     BIOMOD2是一个用于物种分布模拟的模型,它在生态学和生物多样性保护领域有着广泛的应用。该模型能够模拟特定物种与其环境之间的关系,利用环境变量来模拟特定物种的生态位。BIOMOD2提供了运行多达10余种物种分布模拟模型的能力BIOMOD2模型的运行涉及多个步骤,包括物种分布文件的
  • 2024-04-092011年认证杯SPSSPRO杯数学建模B题(第一阶段)生物多样性的评估全过程文档及程序
    2011年认证杯SPSSPRO杯数学建模B题生物多样性的评估原题再现:  2010年是联合国大会确定的国际生物多样性年。保护地球上的生物多样性已经越来越被人类社会所关注,相关的大规模科研和考察计划也层出不穷。为了更好地建立国际交流与专家间的合作,联合国还建立了生物多样性
  • 2024-04-08网页手动下载GBIF物种分布数据
    GBIF的全称是GlobalBiodiversityInformationFacility,全球最大的生物多样性数据共享平台。由于网络原因,使用R语言调用API批量下载或处理数据记录时,可能会由于延迟而报错。因此有时候,也有必要在网页上“所见即所得”地手动下载数据,等待邮件的数据下载通知。例如,为保证授课质量,我
  • 2024-04-08Microbiome|北京林业大学生物多样性研究团队揭示土壤原核生物群落在推动亚热带森林植物多样性与生产力关系中的重要作用
    生物多样性与生态系统功能(BEF)之间的关系是生态研究的重要课题之一。土壤微生物群落的变化可能是调节这种关系的关键因素之一。关于森林中真菌群落对树木多样性-生产力关系的影响,已有大量研究。然而,对于细菌和古细菌,尽管它们在森林土壤中数量众多,并具有重要的生态系统功能,但关
  • 2024-04-08R语言生物群落(生态)数据统计分析与绘图
    暨融合《R语言基础》、《tidyverse数据清洗》、《多元统计分析》、《随机森林模型》、《回归及混合效应模型》、《结构方程模型》、《统计结果作图》七合一版本R语言作的开源、自由、免费等特点使其广泛应用于生物群落数据统计分析。生物群落数据多样而复杂,涉及众多统计分析
  • 2024-04-03Nature正刊重磅!瑞士联邦森林研究所揭示气候地理学和物种多样性的全球格局
    目前尚不清楚为什么在更温暖、更潮湿的地区观察到更丰富的物种。自1807年亚历山大·冯·洪堡首次描述大规模物种多样性模式以来,热带和温带地区气候条件的差异被认为是全球多样性梯度的合理解释。现在已经确定,物种丰富度通常与气候条件密切相关,即温度、水的可利用性和由此产生
  • 2024-03-12MaxEnt模型在R语言中的参数调优:物种分布模拟的优化策略
    在生态学研究中,物种分布模拟是一项至关重要的任务。它有助于我们理解物种与环境之间的复杂关系,预测物种在气候变化或人类活动影响下的潜在分布变化。近年来,随着计算机技术的不断发展,基于机器学习的物种分布模拟方法逐渐成为研究热点。其中,MaxEnt模型作为一种广泛应用的物种
  • 2024-03-12R语言扩展包与MaxEnt模型的集成:实现高效的物种分布模拟
    在生态学研究中,物种分布模拟是一项至关重要的任务。它有助于我们理解物种与环境之间的复杂关系,预测物种在气候变化或人类活动影响下的潜在分布变化。近年来,随着计算机技术的不断发展,基于机器学习的物种分布模拟方法逐渐成为研究热点。其中,MaxEnt模型作为一种广泛应用的物种
  • 2024-02-29《系统科学》读后感 第三篇
    本章主要讲述了系统的进化,各种各样的系统,可以静态地研究,也可以动态地研究,而对各种系统的动态研究必然会引出系统进化的概念。①这里所说的系统进化是指系统自身或一般系统的产生、变化和发展过程。由此提出的系统进化论研究适用于各种具体系统的-般进化原理。进化论的进化
  • 2024-02-26Chao1算法
    Chao1算法是一种用于估计生物多样性的方法,特别是在微生物群落中。让我为您解释一下其计算原理。准备:在理解Chao1指数之前,我们需要理清两个概念:Singletons:仅包含一条read的OTU(操作分类单元)。Doubletons:仅包含两条reads的OTU。想象一个放满各种各样玩具模型的大水池。我们
  • 2024-01-21R:计算Chao指数
    #清除R环境中的所有对象rm(list=ls())#设置工作目录setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\新建文件夹\\Alpha_Chao")#加载必要的库library(vegan)#读取数据df<-read.table("otu_table_A.txt",header=TRUE,row.names=1,sep="\t")
  • 2023-12-26相对丰度与绝对丰度
    绝对丰度和相对丰度是生态学和生物统计学中常用的两个概念,它们用于描述物种在特定环境中的分布和数量。绝对丰度(AbsoluteAbundance):绝对丰度是指在特定区域或样本中某个物种的实际数量。它通常用个体数来衡量,比如在一个湖泊中特定鱼类的个体总数。绝对丰度提供了物种在给定
  • 2023-12-12【POJ 2418】Hardwood Species 题解(映射)
    描述阔叶树是一种植物群,具有宽阔的叶子,结出果实或坚果,通常在冬天休眠。美国的温带气候造就了数百种阔叶树种的森林,这些树种具有某些生物特征。例如,虽然橡树、枫树和樱桃都是硬木树,但它们是不同的物种。所有硬木树种加起来占美国树木的40%。另一方面,软木,或针叶树,从拉丁语的意思是
  • 2023-11-23结构设计,二级联动,每行不同下拉框
    如果说一个二级联动框的结构设计,可以采用Map结构。那么我下面有个问题记录一下:假设有一个表格,每行初始的下拉选项是一样的,但是随着一级下拉框的改变,二级下拉框就会有所变化。比如1,我选择地球,物种只有地球的物种。如果2,我选择了火星,物种就只有火星的物种。像这样的每行都不一
  • 2023-10-11AI「鸟口普查」,康奈尔大学利用深度学习分析北美林莺分布
    据世界自然基金会统计,1970-2016年,全球代表物种种群数量减少了68%,生物多样性不断下降。保护生物多样性,需要对当地生态情况进行准确分析,制定合理的生态保护政策。然而,生态数据太过庞杂,统计标准又难以统一,大规模的生态分析很难开展。近期,康奈尔大学的研究者们利用深度学习,分析了
  • 2023-09-13使用R语言查询某物种所有通路及通路内的基因
    使用R语言查询某物种所有通路及通路内的基因,这里使用Y书的clusterProfiler包。这里以人类为例查询所有通路及通路内的基因:library(R.utils)R.utils::setOption("clusterProfiler.download.method","auto")hsa_kegg<-clusterProfiler::download_KEGG("hsa") 这里使用的
  • 2023-09-06Mitsuaria
    Mitsuaria是一种革兰氏阴性的细菌属,属于拟杆菌门,广泛分布在土壤和水体中。Mitsuaria的特征是其细胞壁含有一种特殊的脂类化合物,称为鞘烷。Mitsuaria能够降解多种有机污染物,如多环芳烃、农药、染料等,从而减少这些物质对环境的危害。Mitsuaria也能够与植物形成共生关系,促进植物的生
  • 2023-09-06Sinorhizobium中华根瘤菌属
    剑菌属(学名:Ensifer)是根瘤菌目根瘤菌科下的一属。中华根瘤菌属(学名:Sinorhizobium)是剑菌属的同属异名。该属曾先后于1982年与1988年被命名为剑菌属(Ensifer)与中华根瘤菌属(Sinorhizobium)。根据国际原核微生物系统学委员会(InternationalCommitteeonSystematicsofProkaryotes,ISCP)
  • 2023-08-16「鲸脸识别」已上线,夏威夷大学用 5 万张图像训练识别模型,平均精度 0.869
    内容一览:人脸识别可以锁定人类身份,这一技术延申到鲸类,便有了「背鳍识别」。「背鳍识别」是利用图像识别技术,通过背鳍识别鲸类物种。传统的图像识别依赖于卷积神经网络(CNN)模型,需要大量训练图像,并且只能识别某些单物种。近期,夏威夷大学的研究人员训练了一种多物种图像识别模型,
  • 2023-07-19物种丰度度r语言教程
    物种丰度度R语言教程物种丰度度是生态学中一个重要的概念,用来描述群落中不同物种的相对丰度。在生态学研究中,我们经常需要对物种丰度度进行分析和可视化,以了解群落的组成和结构。R语言是一种强大的统计分析和数据可视化工具,可以帮助我们进行物种丰度度的计算和可视化分析。准备工