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SparCC（SparseCorrelationsforCompositionalData）是一种专为处理组成型数据（如微生物相对丰度数据）设计的相关性计算方法。它假设大多数物种之间的关系是稀疏的，即在生态系统中，不是所有物种都直接互相作用。其核心思想是通过计算组成数据中各物种的稀疏相关矩阵，避免因组成效应（compo

近年来，大语言模型（LLMs）已在自然语言、计算机视觉等通用领域引发了新一轮技术革命，通过大规模语料和模型参数进行预训练，LLMs能够掌握语言的共性规律，能够对多种下游任务产生质的提升，已经形成了新的人工智能范式。在生命科学领域，单细胞组学技术的突破产生了大量不同物种细胞的基因表达

R语言作的开源、自由、免费等特点使其广泛应用于生物群落数据统计分析。生物群落数据多样而复杂，涉及众多统计分析方法。主要特点为聚焦生态学研究领域，从R语言基础操作和作图、数据准备整理，到各种数量分析方法的应用情景分析，实现从数据整理到分析结果展示的完整科学研究数据分

鲸鱼声音识别对于保护海洋生态具有重要意义，科学家可以通过分析鲸鱼的声音，了解其种类、迁徙路线、繁殖习惯和社会结构，从而制定更加有效的保护政策。然而，鲸鱼声音识别并非易事。首先，目前全世界已知的鲸鱼种类超过94种，且声学频率范围极为广泛，从蓝鲸低至10赫兹的声波到齿鲸高达1

我们团队本身有做基因功能研究出身的，也了解一点分子实验方面的套路。但在这一领域，我们不打算延伸，因为已经有很多公众号做得非常好了，比如说伯远生物。推荐几篇伯远发布的相关文章，希望喂饱你的收藏夹，吃吃灰。基因功能研究的那些套路你知道多少？（上）基因功能研究的那些套路你知道

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介绍R语言的扩展物种堆积图是一种数据可视化工具，它不仅展示了物种的堆积结果，还整合了不同样本分组之间的差异性分析结果。这种图形表示方法能够直观地比较不同物种在各个分组中的显著性差异，为研究者提供了一种有效的数据解读方式。加载R包knitr::opts_chunk$set(warning

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GBIF的全称是GlobalBiodiversityInformationFacility，全球最大的生物多样性数据共享平台。由于网络原因，使用R语言调用API批量下载或处理数据记录时，可能会由于延迟而报错。因此有时候，也有必要在网页上“所见即所得”地手动下载数据，等待邮件的数据下载通知。例如，为保证授课质量，我

生物多样性与生态系统功能（BEF）之间的关系是生态研究的重要课题之一。土壤微生物群落的变化可能是调节这种关系的关键因素之一。关于森林中真菌群落对树木多样性-生产力关系的影响，已有大量研究。然而，对于细菌和古细菌，尽管它们在森林土壤中数量众多，并具有重要的生态系统功能，但关

暨融合《R语言基础》、《tidyverse数据清洗》、《多元统计分析》、《随机森林模型》、《回归及混合效应模型》、《结构方程模型》、《统计结果作图》七合一版本R语言作的开源、自由、免费等特点使其广泛应用于生物群落数据统计分析。生物群落数据多样而复杂，涉及众多统计分析

目前尚不清楚为什么在更温暖、更潮湿的地区观察到更丰富的物种。自1807年亚历山大·冯·洪堡首次描述大规模物种多样性模式以来，热带和温带地区气候条件的差异被认为是全球多样性梯度的合理解释。现在已经确定，物种丰富度通常与气候条件密切相关，即温度、水的可利用性和由此产生

在生态学研究中，物种分布模拟是一项至关重要的任务。它有助于我们理解物种与环境之间的复杂关系，预测物种在气候变化或人类活动影响下的潜在分布变化。近年来，随着计算机技术的不断发展，基于机器学习的物种分布模拟方法逐渐成为研究热点。其中，MaxEnt模型作为一种广泛应用的物种

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本章主要讲述了系统的进化，各种各样的系统,可以静态地研究,也可以动态地研究,而对各种系统的动态研究必然会引出系统进化的概念。①这里所说的系统进化是指系统自身或一般系统的产生、变化和发展过程。由此提出的系统进化论研究适用于各种具体系统的-般进化原理。进化论的进化

Chao1算法是一种用于估计生物多样性的方法，特别是在微生物群落中。让我为您解释一下其计算原理。准备：在理解Chao1指数之前，我们需要理清两个概念：Singletons：仅包含一条read的OTU（操作分类单元）。Doubletons：仅包含两条reads的OTU。想象一个放满各种各样玩具模型的大水池。我们

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绝对丰度和相对丰度是生态学和生物统计学中常用的两个概念，它们用于描述物种在特定环境中的分布和数量。绝对丰度（AbsoluteAbundance）：绝对丰度是指在特定区域或样本中某个物种的实际数量。它通常用个体数来衡量，比如在一个湖泊中特定鱼类的个体总数。绝对丰度提供了物种在给定

描述阔叶树是一种植物群，具有宽阔的叶子，结出果实或坚果，通常在冬天休眠。美国的温带气候造就了数百种阔叶树种的森林，这些树种具有某些生物特征。例如，虽然橡树、枫树和樱桃都是硬木树，但它们是不同的物种。所有硬木树种加起来占美国树木的40%。另一方面，软木，或针叶树，从拉丁语的意思是

如果说一个二级联动框的结构设计，可以采用Map结构。那么我下面有个问题记录一下：假设有一个表格，每行初始的下拉选项是一样的，但是随着一级下拉框的改变，二级下拉框就会有所变化。比如1，我选择地球，物种只有地球的物种。如果2，我选择了火星，物种就只有火星的物种。像这样的每行都不一