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网页手动下载GBIF物种分布数据

时间:2024-04-08 22:12:30浏览次数:26  
标签:网页 GBIF 手动 物种 https 数据 下载

GBIF的全称是Global Biodiversity Information Facility,全球最大的生物多样性数据共享平台。由于网络原因,使用R语言调用API批量下载或处理数据记录时,可能会由于延迟而报错。因此有时候,也有必要在网页上“所见即所得”地手动下载数据,等待邮件的数据下载通知。例如,为保证授课质量,我们要求同学们在课前通过手动方式下载感兴趣的物种分布数据。

1、打开GBIF官网,https://www.gbif.org/

2、点击occurrence进入分布数据搜索界面

3、在左侧搜索框输入需要下载物种的学名,例如下载槐的分布数据,输入它的学名Styphnolobium japonicum,点击搜索。

4、可以在左侧选择记录的过滤条件,比如年份选择1950年之后,有经纬度,地区选择中国。如果刷新不出来,重复选择过滤条件。点击Download表浅下载。如果没有账号,需要先注册和登陆。

5、转跳后,选择第一个(SIMPLE)就行,耐心等待。

6、继续耐心等待,或者关闭页面,等待邮件通知。

 

7、打开下载的压缩包,是制表符分割的CSV文件,可以用纯文本文件打开,可以全选复制到Excel里。

 

参考资料:

[微信公众号-桥东棉花铺]手动检索并下载GBIF中物种数据 https://mp.weixin.qq.com/s/tsJF728LQxDI3t_ySw_PpA

[微信公众号- HelloBD]GBIF的发展和成长:从开放数据、开放科学到开放组织- 许哲平(HelloBD第37期)https://mp.weixin.qq.com/s/Wi9ZrvTjGIbYzxDm-HIDrA

 

上课前需要的其他准备工作:

1、携带笔记本电脑

2、安装好R及RStudio软件(https://posit.co/download/rstudio-desktop/),上过群体生态学课程的同学已经对这比较熟悉

3、MaxEnt软件及Java环境,下载地址:https://biodiversityinformatics.amnh.org/open_source/maxent/

4、Worldclim的Bioclimatic variables数据(分辨率为10min)下载,https://worldclim.org/data/worldclim21.html

 

注:软件和数据课上也会留上时间下载,为节约时间,GBIF物种分布数据尽可能课前下载。更多示例资料请下载:

链接: https://pan.baidu.com/s/1_bQARJxM3bCueccDbs9ofQ?pwd=3vch 提取码: 3vch 复制这段内容后打开百度网盘手机App,操作更方便哦

标签:网页,GBIF,手动,物种,https,数据,下载
From: https://www.cnblogs.com/liulele/p/18122670

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