首页 > 编程语言 >Chao1算法

Chao1算法

时间:2024-02-26 10:34:15浏览次数:35  
标签:玩具 Chao1 指数值 算法 物种 singletons doubletons

Chao1算法是一种用于估计生物多样性的方法,特别是在微生物群落中。让我为您解释一下其计算原理。

  1. 准备: 在理解Chao1指数之前,我们需要理清两个概念:

    • Singletons:仅包含一条read的OTU(操作分类单元)。
    • Doubletons:仅包含两条reads的OTU。

    想象一个放满各种各样玩具模型的大水池。我们随机捞起玩具,有两种情况:

    • 如果捞起的玩具和之前已经捞过的某个玩具一模一样,那么我们手上就有两个相同的玩具,这就是doubletons。
    • 如果捞起的玩具之前没有出现过,那么这就是singletons。

    注意:如果我们手里已经有两个或更多相同的玩具,再捞一个起来,这种情况对Chao1指数没有贡献。

  2. 公式: Chao1的经典公式如下:

    ​​

    其中:

    • Sobs​ 表示样本中观察到的物种数目。
    • F1​ 和 F2​ 分别表示singletons和doubletons的数目。

    此外,Chao1还有一种修正偏差的公式,用于解决当doubletons为0时计算结果无意义的问题。

  3. 理解

    • Chao1指数用于反映物种丰富度,通过观察到的结果推算出一个理论的丰富度,更接近真实的丰富度。
    • 它对稀有的物种非常敏感,因为它通过singletons和doubletons进行了合理的推算。
    • Chao1假设:在一个群体中随机抽样,当稀有的物种(singletons)仍在被发现时,可能还有其他未发现的稀有物种;直到所有物种至少被抽到两次(doubletons)时,不会再有新的物种被发现。
  4. 举例

    • 菌落A有50个OTUs,其中有10个doubletons和12个singletons,其Chao1指数值为57.2。
    • 菌落B有50个OTUs,其中有20个doubletons和5个singletons,其Chao1指数值为50.625。
    • 菌落C有80个OTUs,其中有10个doubletons和12个singletons,其Chao1指数值为87.2。
    • 菌落D有40个OTUs,其中有3个doubletons和20个singletons,其Chao1指数值为106.6667。

    总之,Chao1是度量物种丰富度的指标,对稀有的物种非常敏感。

标签:玩具,Chao1,指数值,算法,物种,singletons,doubletons
From: https://www.cnblogs.com/wzbzk/p/18033779

相关文章

  • 2024牛客寒假算法基础集训营6 K 错综的统一 题解
    Question2024牛客寒假算法基础集训营6K错综的统一一个矩阵仅由"r",“e”,“d”组成一个矩阵区域是美丽的,当且仅当:在矩形区域内,任意横向或纵向取一个长度大于\(1\)的连续字串是,该字符串都不是回文的现在有\(Q\)次询问,每次给定一个矩阵,问最少修改多少字符(字符只能修改"r"......
  • 基于yolov2深度学习网络的车辆检测算法matlab仿真,包括白天场景和夜晚场景
    1.算法运行效果图预览  2.算法运行软件版本MATLAB2022a 3.算法理论概述     基于YOLOv2深度学习网络的车辆检测是一种高效的目标检测算法,广泛应用于交通监控、自动驾驶等领域。YOLOv2是YouOnlyLookOnce(YOLO)系列算法的第二代,相较于第一代在速度和准确......
  • 基于局部信息提取的人脸标志检测算法matlab仿真
    1.算法运行效果图预览 2.算法运行软件版本matlab2022a 3.算法理论概述       基于局部信息提取的人脸标志检测算法是计算机视觉和图像处理领域的重要研究方向。该算法旨在从人脸图像中准确地检测和定位出一系列关键的特征点,这些特征点通常被称为人脸标志点。人脸......
  • 经典算法题目-动态规划
    动态规划动归五部曲一、确定dp数组以及下标的含义二、确定递推公式三、dp数组进行初始化四、确定遍历顺序五、举例推导dp数组746.使用最小花费爬楼梯解决思路定义dp[i]为爬到第i个台阶的最低花费递推公式。因为每一次能爬一步或两步,dp[i]为前面的两格走两步过来或......
  • 文心一言 VS 讯飞星火 VS chatgpt (201)-- 算法导论15.2 6题
    六、用go语言,证明:对n个元素的表达式进行完全括号化,恰好需要n-1对括号。文心一言,代码正常运行:在Go语言中,证明对n个元素的表达式进行完全括号化恰好需要n-1对括号,可以通过数学归纳法和递归思考来实现。首先,我们可以明确一个基本的观察:一个单独的元素不需要括号。将两个元素......
  • 图论算法汇总
    图论算法在信息学竞赛中有着非常广泛的应用,也频繁在考试与比赛中作为重要的考察知识.本文汇总并分类了信息学竞赛中的图论算法.1生成树与最短路1.1Prim算法Prim算法可以求出一张图的最小生成树,时间复杂度为\(\mathcal{O}((|V|+|E|)\log|V|)\).memset(dis,0x3f,sizeo......
  • Python数据结构与算法05——二分查找
    二分查找——递归版:defbinarySearch(aimlist,item):#获取列表的长度n=len(aimlist)#如果列表非空ifn>0:#计算中间索引mid=n//2#如果中间元素是目标元素,则找到了ifaimlist[mid]==item:......
  • 【国产化】禁止使用不安全的密码算法:DES、RC2,RSA(1024位及以下),MD5,SHA1
    一、引言随着互联网的普及和技术的发展,网络安全问题日益严重。密码算法作为网络安全的基石,其安全性直接关系到用户数据的安全。一些不安全的密码算法不断被曝光,给用户带来了极大的安全隐患。二、不安全的密码算法1.DESDES(DataEncryptionStandard)是一种对称加密算法,自1977年......
  • C++U6-05 - 动态规划算法入门
    目标:动态规划     兔子数列的每一项都是前两项之和,公式为f[n]=f[n−1]+f[n−2]。#include<bits/stdc++.h>usingnamespacestd;intmain(){intf[105],n;f[1]=1;f[2]=1;cin>>n;for(inti=3;i<=n;i++){......
  • 前缀和算法
    一、简析前缀和有一系列元素\(A[a_0,~a_1,~...,~a_n,~...]\),前缀和\(pre\_sum[n]=A[0]+A[1]+···+A[n]\)。利用前缀和,我们可以很高效地得到\([L,~R]\)的区间和\(\sum_{i=L}^{R}A[i]=pre\_sum[R]-pre\_sum[L-1]\)。二、相关问题2.1题目简述P8649[蓝桥杯2017省B]......