- 2024-12-20基因组之单倍型基因组数据处理(二)
基因组之单倍型基因组数据处理(二)那么,今天让我们来看第二期,关于对于下机后的数据的处理,使其能够符合我们的分析要求,让我们的分析能够进入下一步的组装。1.Smrtlink12简介:PacBio开发的处理HiFi测序数据的open-source工具;基于网页的端对端工作流程管理,也可以用linuxco
- 2024-12-20fastq和fastqc测序格式介绍 | 生物专业最值得看的哈佛生信笔记01
测序技术简介第一代测序技术,即Sanger测序,通过在四条不同的车道上进行反应,最终确定DNA序列。目前主流的第二代测序技术,即lllumina的测序技术,通过在玻璃片上进行大规模平行测序,实现快速、高效的DNA测序。第三代测序技术,虽然目前还处于原型阶段,但具有单分子测序的潜
- 2024-12-17C#-Blazor-在线读取测序ABI文件并绘制峰图
本地环境:win10,visualstudio2022community,net6.0之前已经写过C#的实现:C#-读取测序数据的ABI文件并绘制svg格式峰图_dnaabi文件规范-CSDN博客https://blog.csdn.net/pxy7896/article/details/140798619本文是将C#实现与Blazor做一个结合。实现效果(选择文件的
- 2024-12-10AI大模型,谁是盈利最强企业?
AI大模型相当于“超级大脑”,正成为人工智能“新高地”。AI大模型有望实现人工智能从感知到认知的跃迁,重新定义人工智能产业模式和产业标准,给部分产业带来重大变革。前排提示,文末有大模型AGI-CSDN独家资料包哦!盈利能力通常表现为一定时期内企业收益数额的多少及其水平的高
- 2024-12-04北京市耕地地力
耕地地力评价:参照标准:依据《北京市耕地土壤养分分等定级标准》,对耕地土壤肥力进行分级,可分为:高、较高、中、较低、低;涉及指标:有机质、全氮、有效磷、速效钾;《北京市耕地土壤养分分等定级标准》:指标权重:划分标准:
- 2024-11-28AlphaProof IMO 2024 P1 in LEAN 之 cases 策略(Tactic)
书接上文,AlphaProof通过suffices和have策略,产生其需要的假设后,使用了一系列的norm_num与rw策略,进行简化,如下: 使得目的被改写为: 此后,再通过连续使用两次zify策略,如下 其中,at*,意思是,作用于当前目的的所有假设
- 2024-11-26FH155C6双路按一下开按一下关芯片 ON/OFF单按键开关IC 轻触芯片
FH155C6是一款低功耗的双路电子开关芯片,采用CMOS 制造工艺,低工耗。驱动能力大,适用于各种电子开关。一路按键输入控制,2路输出。上 电不工作,OUTH输出低电平,OUTL输出高电平。长按开关3秒开机,OUTH输出高电平,OUTL输出低 电平。再长按开关3秒,输出状态翻转,OUTH输出低电平,OUTL输出
- 2024-11-26如何实现锁定网页、密码解锁的效果?说说你的方法和步骤是什么?
要实现锁定网页、密码解锁的效果,前端开发可以使用多种方法,核心思路是通过JavaScript控制页面元素的显示和隐藏,并结合密码验证逻辑。以下列出两种常见方法及其步骤:方法一:使用遮罩层覆盖页面这种方法的思路是在整个页面上覆盖一个带有密码输入框的遮罩层,用户输入正确密码后隐藏
- 2024-10-14sra数据的下载及后续操作
SRA数据库:SequenceReadArchive:隶属NCBl(NationalCenterforBiotechnologyInformation)它是一个保存大规模平行测序原始数据以及比对信息和元数据(metadata)的数据库,所有已发表的了献中高通量测序数据基本都上传至此,方便其他研究者下载及再研究。其中的数据则是通过压缩后
- 2024-10-08易基因: cfMeDIP-seq揭示cfDNA甲基化高效区分原发性和转移性前列腺|Nat Commun
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。前列腺癌(Prostatecancer,PCa)是男性中第二常见的恶性肿瘤,也是全球癌症相关死亡的第三大原因。虽然大多数原发性前列腺癌可以治愈,但转移性前列腺癌患者的5年生存率仍低至30%。大多数患者很快就会发展成转移性去势抵抗性
- 2024-09-28基因功能探索:DAP-seq技术如何简化研究流程
探索基因奥秘:DNA亲和纯化测序技术与组蛋白甲基化研究的新纪元在生物科学的世界中,基因的研究一直是一个神秘而深奥的领域。随着科技的不断进步,我们对基因的探索工具也在不断革新。今天,我们要为大家介绍两种前沿的技术:DNA亲和纯化测序(DAP-seq)和组蛋白甲基化修饰工具(H3K4me3Ch
- 2024-09-27课后补充----单细胞数据检测变异
作者,EvilGenius时间很快,马上国庆了,国庆前我们要把单细胞空间外显子的课程上完,希望大家都能学到真本事,发好的文章,这样我就可以写大家的文献推文了。不得不说现在真的是单细胞+时代了。今日参考文献全是中国人,但是从单细胞测序数据中检测单核苷酸变异(snv)知识积
- 2024-09-25Nat Genet | 发现8个新基因!外显子组测序揭示罕见编码基因突变对成人认知功能的影响
认知功能是一种复杂的心理过程,包括注意力、记忆力、处理速度、空间能力、语言和解决问题的能力,很难单独评估。已有研究表明,成人认知功能受到遗传的强烈影响。基于常见变异的全基因组关联研究(GWAS),目前已经确定了近4000个个体效应较小的认知功能基因位点。同时,GWAS还证明了认知功能和
- 2024-09-18Nature Genetics | Rajeev K. Varshney综述:解锁植物遗传学的端粒到端粒(T2T)基因组组装
近期,RajeevK.Varshney团队在Naturegenetics发表综述文章:Unlockingplantgeneticswithtelomere-to-telomeregenomeassemblies。摘要连续基因组序列组装将帮助我们实现作物转化基因组学的全面潜力。最近在测序技术方面的进步,尤其是长读长测序策略,使得构建无间隙的端粒到端粒(T
- 2024-09-18Cell Reports | 下一代混池测序技术(NG-BSA)助力育种4.0
分享一篇去年由中国农科院作物所张红伟和华中农业大学李林团队发表在CellReports上的综述文章:Next-generationbulkedsegregantanalysisforBreeding4.0。该综述在总结传统混池测序技术(BSA)的基础上,提出了NG-BSA的研究策略。NG-BSA通过整合高通量表型技术、生物大数据技术与机
- 2024-09-08Cell Reports | 下一代混池测序技术(NG-BSA)助力育种4.0
分享一篇去年由中国农科院作物所张红伟和华中农业大学李林团队发表在CellReports上的综述文章:Next-generationbulkedsegregantanalysisforBreeding4.0。该综述在总结传统混池测序技术(BSA)的基础上,提出了NG-BSA的研究策略。NG-BSA通过整合高通量表型技术、生物大数据技术与
- 2024-09-08单细胞测序与分子育种
植物细胞具有异质性,同一基因的表达量在同一组织的不同细胞类型中可能不同,当我们挖掘胁迫响应基因或发育相关基因时,如果利用传统的转录组测序(BulkRNA-seq)策略去检测基因的表达模式,一些细胞类型特异性基因的表达信号将会被掩盖,也使我们很难从细胞水平检测出最先响应的因子,以及探究
- 2024-09-08Nature Genetics | Rajeev K. Varshney综述:解锁植物遗传学的端粒到端粒(T2T)基因组组装
近期,RajeevK.Varshney团队在Naturegenetics发表综述文章:Unlockingplantgeneticswithtelomere-to-telomeregenomeassemblies。摘要连续基因组序列组装将帮助我们实现作物转化基因组学的全面潜力。最近在测序技术方面的进步,尤其是长读长测序策略,使得构建无间隙的端粒到
- 2024-09-03文献解读- Genome-wide imputation using the practical haplotype graph in the heterozygous crop cassava
关键词:农业;基因测序;变异检测;文献简介标题(英文):Genome-wideimputationusingthepracticalhaplotypegraphintheheterozygouscropcassava标题(中文):使用杂合作物木薯中的实用单倍型图进行全基因组插补发表期刊:G3作者单位:康奈尔大学等发表年份:2021文章地址:https://doi.org/10.10
- 2024-08-29易基因:多组学测序分析揭示m5C甲基化上调E2F1表达以促进卵巢癌肿瘤进展|Nature子刊
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。卵巢癌是全球死亡率最高的妇科癌症,其中上皮性卵巢癌是最常见的卵巢癌类型。由于缺乏可靠的卵巢癌早期筛查,导致诊断延迟,5年生存率仅为50%。尽管近些年来治疗技术取得了进展,但由于其发病机制的基因调控网络不明确,卵巢癌
- 2024-08-13Drop-seq测序平台dge.txt.gz格式转化成h5格式
dge.txt.gz格式简介dge.txt.gz格式是Drop-seqformat(一个单细胞RNA测序平台,三种常见基于液滴的单细胞RNA测序平台10XGenomicsChromium、inDrop和Drop-seq),也可能命名为.digital_expression.txt.gz。Drop-seq测序平台官网dge.txt格式转化成h5格式因为这个格式确实少见,所以把
- 2024-07-28大牛如何炼成?记上海师大黄学辉教授
黄学辉教授师从韩斌院士,韩是国内数量遗传学应用作物育种研究的先驱者,黄是实践者,名师出高徒的典范。来源:https://pms.shnu.edu.cn/36/64/c26333a734820/page.htm课题组网站:http://www.xhhuanglab.cn/index.html让我们来回顾下黄老师的经典作品,看看大牛是如何炼成的。滑窗法构