- 2024-07-02孟德尔随机化基础概念
孟德尔随机化（MendelianRandomization,MR）是一种利用基因型信息作为工具变量评估暴露与结果之间因果关系的统计方法。一般步骤：单核苷酸多样性(singlenucleotidepolymorphism，SNP)：主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多样性选择的MR分析方法包括:逆方差加
- 2023-09-19转载:孟德尔随机化(Mendelian Randomization) 统计功效（power）和样本量计算
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- 2023-09-19将vcf文件转成孟德尔随机化分析格式
以https://gwas.mrcieu.ac.uk/datasets/ukb-b-7330/为例:原始文件形如：转换代码library(vcfR)getwd()a_data=read.vcfR('../ukb-b-7330.vcf.gz')str(a_data)head(a_data$meta,12)head(a_data@fix)head(a_data@gt)fix=as.data.frame(a_data@fix[,(1:5)])gt=as
- 2023-09-09下载微生物数据（孟德尔随机化）
登录https://mibiogen.gcc.rug.nl/menu/main/home选择TopHits暴露因素选择条件0到1e-5或者5e-8作为结局数据选择条件5e-5到1根据菌群纲目ID进行分类，可以选择MendelR包里面的函数进行切割并自动化SNP模版split_mibiogen_file('刚才下载的文件.csv')libraray(Men
- 2023-06-07【高中生物必修二】
第一章遗传因子1.1孟德尔豌豆杂交实验和单一性状融合遗传指双亲的遗传物质在子代内产生混合，使子代表现出介于双亲之间的性状（特征），双亲遗传物质融合至子代且无法还原。孟德尔反对融合遗传理论，认为"融合"过程并不是随机混乱，而是有所规律的。孟德尔希望用简单明了的方法证明遗传
- 2023-02-09 R数据分析：孟德尔随机化中介的原理和实操
中介本身就是回归，基本上我看到的很多的调查性研究中在中介分析的方法部分都不会去提混杂，都是默认一个三角形画好，中介关系就算过去了，这里面默认的逻辑就是前两步回归中的混
- 2022-11-11R数据分析：孟德尔随机化实操
好多同学询问孟德尔随机化的问题，我再来尝试着梳理一遍，希望对大家有所帮助，首先看下图1分钟，盯着看将下图印在脑海中： 上图是工具变量（不知道工具变量请翻之前的文章）的模式
- 2022-10-17孟德尔随机化中的无效工具变量检验
两样本的孟德尔随机化研究只需要基于gwassummary数据，就可以研究暴露因素和结局变量之间的因果关系，是最广泛使用的研究手段之一。要保证MR研究结果的可靠性，需要在分析的各
- 2022-10-17孟德尔随机化研究中评估因果效应大小的方法
欢迎关注”生信修炼手册”!孟德尔随机化研究借助遗传变异这一工具变量，来评估暴露因素与结局变量之间的因果效用。为了准确评估因果效应的大小，有多种方法相继被发明。本文重