首页 > 其他分享 >孟德尔随机化研究中评估因果效应大小的方法

孟德尔随机化研究中评估因果效应大小的方法

时间:2022-10-17 22:31:08浏览次数:87  
标签:截距 遗传变异 变量 孟德尔 效应 随机化 偏倚 因果

欢迎关注”生信修炼手册”!

孟德尔随机化研究借助遗传变异这一工具变量,来评估暴露因素与结局变量之间的因果效用。为了准确评估因果效应的大小,有多种方法相继被发明。本文重点看下其中常用的两种方法。

1. IVW

IVW全称如下

Inverse-Variance Weighted

称之为逆方差加权,由Burgess等提出,文章链接如下

​https://onlinelibrary.wiley.com/doi/pdf/10.1002/gepi.21758​

每个遗传变异k计算得到的暴露因素与结局变量的因果效应值用如下的比值表示

孟德尔随机化研究中评估因果效应大小的方法_公众号

Xk表示的是在遗传变异与暴露因素的gwas分析中,k这个位点对应的效应值,beta值。类似的,Yk表示的是在遗传变异与结局变量的gwas分析中,k这个位点对应的效应值。这种计算方法称之为比值法。

对于所有工具变量总的因果效应值,通过meta分析中的固定效应模型来评估,公式如下

孟德尔随机化研究中评估因果效应大小的方法_数据分析_02
对应的标准误计算如下

孟德尔随机化研究中评估因果效应大小的方法_数据分析_03
通过加权线性回归来进行求解,强制线性回归的截距项为0。在IVW中,假设各个遗传变异是相互独立的。当存在多效性时,对因果效应的估计会出现偏差。

2. MR-Egger

MR-Egger回归对IVW方法进行了修改,不在强制线性回归的截距项为0,而是用截距项来表示工具变量的平均多效性,对应的文章链接如下

​https://academic.oup.com/ije/article/44/2/512/754653​

采用了meta分析中检测偏倚的egger检验方法,用回归直线的截距来横标偏倚性。在meta分析中,常通过漏斗图是否对称来判断数据是否存在偏倚,这种方法依靠的是视觉判断,确实量化机制,而egger检验就是一种量化漏斗图的方式,将漏斗图中的x和y进行线性回归,如果回归方程的截距为0,说明不存在偏倚;截距不为0,说明存在偏倚。

这里的偏倚在MR分析中,通常就是指遗传变异的多效性。当存在多效性时,用MR-Egger方法会更加合适。

在TwoSampleMR包中,默认就是采用这两种方法来评估效应值。

·end·



孟德尔随机化研究中评估因果效应大小的方法_线性回归_04


标签:截距,遗传变异,变量,孟德尔,效应,随机化,偏倚,因果
From: https://blog.51cto.com/u_10721944/5764562

相关文章

  • AtCoder Beginner Contest 272 G - Yet Another mod M // 随机化
    题目来源:AtCoderBeginnerContest272G-YetAnothermodM题目链接:ABC272G-YetAnothermodM题意给定一个大小为\(N\),元素各不相同的数组\(A\)。求一个数字\(......
  • 虫逢——随机化数据的随机化处理
    【清华集训2014】虫逢一道随机化数据的好题。题干小强和阿米巴是好朋友。阿米巴告诉小强,变形虫(又叫阿米巴虫)和绝大多数生物一样,也是有DNA的。并且,变形虫可以通过分......
  • 格兰杰因果检验如何分析?
    在宏观计量经济研究中,通常会使用VAR模型研究多个时间经济变量之间的数量关系情况,VAR模型时可分析各计量变量之间的影响关系及影响方差解释情况,那么该影响关系是否具有意义,......
  • 寻找领域不变量:从生成模型到因果表征
    1领域不变的表征在迁移学习/领域自适应中,我们常常需要寻找领域不变的表征(Domain-invariantRepresentation)[1],这种表示可被认为是学习到各领域之间的共性,并基于此共性......
  • 【Coel.学习笔记】随机化算法:模拟退火与爬山法
    简介模拟退火(\(\text{SimulateAnneal}\))和爬山法是随机化算法,二者的原理都在于通过随机生成答案并检查,把答案逐步缩小在一个可行的区间,尽可能地靠近正确答案。在考场......
  • 八.用例设计方法--等价类、边界值、因果图、判定表法
    八大测试用例设计方法:等价类、边界值、因果图、判定表法、正交试验法、状态图、场景法、测试大纲法;最常用的:等价类、边界值、场景法; (一)等价类1.等价类划分方法是把所有......
  • 用例设计方法之因果图详解
    一、因果图概述因果图是从需求中找出因(输入条件)和果(输出或程序状态的改变),通过分析输入条件之间的关系(组合关系、约束关系等)及输入和输出之间的关系绘制出因果图,再转化成......
  • 随机化方法
    受约束的随机验证提供了三种随机化的方法:1.Randomize()2.Pre-randomize()3.Post-randomize()每个类都有一个内置的randomize()方法,它是一个虚函数,它为受约束的......
  • 探索因果规律之因果推断基础(ft. The Book of Why by Judea Pearl)
     https://www.bilibili.com/video/BV17b4y1W7rk/?spm_id_from=autoNext&vd_source=3ad05e655a5ea14063a9fd1c0dcdee3e          后门准则需要先理......
  • 青源Talk第8期|苗旺:因果推断,观察性研究和2021年诺贝尔经济学奖
     biobank英国的基金数据因果推断和不同的研究互相论证,而非一个研究得到的接了就行。数据融合,datafusion,同一个因果问题不同数据不同结论,以及历史上的数据,来共同得到更......