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Tropical Plants | 改进的日本晴单倍型基因组UQ_NIP

时间:2024-06-15 22:46:56浏览次数:20  
标签:Plants IRGSP 组装 UQ 晴单 基因 基因组 单倍 改进

昆士兰大学Robert J. Henry教授团队利用改进的单倍型水平基因组组装揭示更多的水稻基因。

本研究利用更准确的测序技术,分析组装了一个改进的单倍型水平水稻基因组。该改进的基因组组装包含了早期基因组序列中缺失的区域,并且基于更高的序列准确性注释了3000多个新的基因。这个单倍体型基因组将成为水稻研究的有用资源。

研究内容

基因组改进: 利用PacBio HiFi读取产生更准确的基因组序列组装,包括所有染色体上的端粒区域(T2T),并添加了完全解析的单倍型。

注释比较分析: 对新基因组(UQ Nipponbare)和IRGSP-1.0参考基因组的注释进行比较,发现了3050个额外基因,其中超过95%有转录证据支持。

研究结果

基因组序列改进: 新的基因组组装比IRGSP-1.0参考基因组长约11.3 Mb,并且在所有染色体上都显示出改进。

额外基因的发现: 研究发现了3050个新基因,这些基因具有广泛的功能,其中58个基因位于IRGSP基因组中缺失的新区域。

单倍型解析: 首次对Nipponbare基因组进行了单倍型解析,这对于水稻研究人员来说是一个有价值且重要的资源。

UQ Nipponbare与IRGSP.1.0 Nipponbare基因组的比较

UQ Nipponbare与IRGSP-1.0-Nipponbare基因组组装之间比较

两个单倍型比较

基因组获取地址:

GWHEQBP00000000 that is
publicly accessible at https://ngdc.cncb.ac.cn/gwh.(但目前并没有释放,要到十月中旬)。

标签:Plants,IRGSP,组装,UQ,晴单,基因,基因组,单倍,改进
From: https://www.cnblogs.com/miyuanbiotech/p/18249881

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