reads、contigs、k-mer之间的区别

"Reads"（序列）是指从DNA测序技术中得到的短片段DNA序列。通常这些序列长度较短，可能只有几百个碱基对长。

"Contigs"（连读）是通过将读取序列拼接在一起来形成更长的序列。Contigs相对较长，可能达到数千个碱基对长，但它们可能仍然缺少一些重要的信息，例如重复序列或缺失区域。

"k-mers"（k个核苷酸长度的片段）是将读取序列分割成长度为k的小片段。它们可以用于重组读取序列以生成contigs或完整的基因组序列。

因此，这三个术语在基因组组装过程中扮演不同的角色，从原始数据的读取开始，到将其拼接成更长的序列，再到使用k-mers生成完整的基因组序列。