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  • 2024-09-24下载测序数据那些事儿(一)
    文章目录前言检索下载数据坑聊聊天前言  最近在下载(分析)公共数据,无法避免的从NCBISRA数据库下载已发表的“”优质“”数据。曾经一直以为,数据下载就是小case,直到我因为下载数据,折腾了几天……所以,聊一下目前下载拆分单细胞转录组测序数据踩过的SHIT。希望能为
  • 2024-07-21《痞子衡嵌入式半月刊》 第 105 期
    痞子衡嵌入式半月刊:第105期这里分享嵌入式领域有用有趣的项目/工具以及一些热点新闻,农历年分二十四节气,希望在每个交节之日准时发布一期。本期刊是开源项目(GitHub:JayHeng/pzh-mcu-bi-weekly),欢迎提交issue,投稿或推荐你知道的嵌入式那些事儿。上期回顾:《痞子衡嵌入式半月
  • 2024-07-17利用bwa将自己的数据与参考基因组比对与sam格式转换
    1.bwa的下载与安装https://www.jianshu.com/p/19f58a07e6f4主要参考这篇帖子,如果之前的步骤都走通了的话,依赖什么的不用特别安装,报错了再补也可以安好了之后,进到他的路径,输./bwa,就可以确认bwa有没有安装好了,环境设置好以后可以在其他地方输入bwa,也可以叫他出来。在正式开始
  • 2024-06-20单细胞测序最好的教程(十四)测序原始数据公开至NCBI数据库
    作者按国内对于单细胞测序相关的中文教程确实不够全面,当然NCBI官网给的上传教程也比较详细了,所以变成了会者不难。本教程你现在可能用不上,但是你如果做单细胞测序,那么未来你一定会用上,建议收藏。在这里,我们将演示如何将测序文件完整上传到NCBI上。本教程首发于单细胞最好的中文
  • 2024-04-1152 Things: Number 26: Describe the NAF scalar multiplication algorithm.
    52Things:Number26:DescribetheNAFscalarmultiplicationalgorithm.52件事:第26件:描述NAF标量乘法算法。 Thisisthelatestinaseriesofblogpoststoaddressthelistof '52ThingsEveryPhDStudentShouldKnow' todoCryptography:asetofquestion
  • 2023-12-27bwa比对
    GATKfastpbwa---产生sam文件bwa有三种算法,其中mem比较全面bwaindexref.fa先建立index,下载参考基因组的fasta文件。?不知道可不可以用压缩文件,教程是解压的。在操作的时候我也解压了bwamemref.faread1.fqread2.fq>aln-pe.sam#无参数R这里输入的.fq可以是压缩
  • 2023-12-17ICPC2023重庆市赛游记
    人生总是由遗憾构成的Day-1比赛前2天,由于dlh和fq需要考四级,所以我提前到重庆来"旅游"。来的路上vp了一场codeforsediv.2,1.5h写了3题,手感不是很好(也有可能题太阴间)来到重庆,天下着小雨,但是我还是开始我的CityWalk--ChongQing,我循着5年前的足迹走在解放碑
  • 2023-12-17stepValue
    <body><styletype="text/css">*{margin:0;padding:0;}textarea{display:block;margin:50pxauto;padding-left:0;width:40
  • 2023-11-2515-有参转录组实战1-批量质控-fastp
     #本教程部分参考B站15天入门生物信息教程,在开启以下教程前,请务必看看我前面两个教程,Linux系统上安装R语言(https://www.bilibili.com/read/cv24718269)和下载好转录组(https://www.bilibili.com/read/cv24719254)。#1,我们对上次下载的转录组进行实战分析,首先进行质量控制,使用fast
  • 2023-10-15fqkit: 一个处理fastq序列的小工具 (一)
    一个用于处理fastq测序文件的命令行小工具,功能还在不断更新中,子命令也不多,支持gzip压缩文件的输入和输出(结果文件名以.gz结尾,结果会自动压缩)。reop:https://github.com/sharkLoc/fqkitinstall:cargoinstallfqkitusage:fqkit:asimpleprogramforfastqfilemanipulatio
  • 2023-10-12汇编实战!手把手教你从“计算器”入门汇编语言
    基于汇编语言的简单整数计算器设计与实现 (此代码仅供学习使用,请勿用作其他用途)摘要本论文介绍了一款使用汇编语言编写的简单整数计算器程序,该程序支持基本的四则运算操作,并能处理包含括号的数学表达式。本文通过分析程序的代码结构,宏定义、数据段、子程序以及关键功能的实
  • 2023-09-24crash —— 获取所有内核符号
    查看所有的内核符号以及地址crash>sym-l0(D)__per_cpu_start0(D)irq_stack_union4000(D)cpu_debug_store5000(D)cpu_tss_rw8000(D)gdt_page9000(d)exception_stackse000(d)entry_stack_storagef000(D)espfix_waddrf008(D)espfix_stackf010(D)cpu
  • 2023-08-16安卓环境配置
    好久没搞android,一些基础配置忘得差不多了,这里慢慢回忆补充下。window:AndroidIDE需要FQ。gradle更新失败,一般是代理配置错误。需要修改代理,位置为:gradle/gradle.properties.一般代理不支持HTTPS,屏蔽即可。安装JavaSDK,https://www.oracle.com/cn/java/technologies/
  • 2023-06-16背包问题 V3( $01$ 分数规划入门题)
    附赠题目链接:\(\text{51Nod-1257}\)目录\(\text{description}\)\(\text{sol}\)\(\text{CODE}\)\(\text{Else}\)\(\text{description}\)\(n\)个物品的体积为\(w_1,w_2,\cdots,w_n\)(\(w_i\)为整数),与之相对应的价值为\(p_1,p_2,\cdots,p_n\)(\(p_i\)为整数),从中选出\(
  • 2023-05-16windows系统下校验测序数据MD5?
    本地上传测序文件到Linux系统,做md5时发现有少数文件失败。$catmd5.check84305_FDSW190448400-1a_1.fq.gz:OK84305_FDSW190448400-1a_2.fq.gz:FAILEDmd5sum:WARNING:1computedchecksumdidNOTmatch可能是上传有误,也可能是本地测序文件本身不完整。但是文件太大,在没
  • 2023-04-02有限域的实例化表示探讨
    Z /(p)有限域最普通的例子是Zp= Z/(p),其中Z是整数环,p是一个素数. Zp有非常直观的实例化表示,即:Zp={0+(p),1+(p),...,p-1+(p)}={[0]p,[1]p,...,[p-1]p}.这个表示法可以非常直观地看到char(Zp)=p,以及(Zp,+)构成加法交换群,比如[i]p的加法逆元
  • 2023-02-12IntelliJ IDEA插件
    1.官方汉化:Chinese(Simplified)LanguagePack(软件使用利器)2.文本翻译:Translation(源码阅读利器)可以FQ的使用默认的Google翻译,不能FQ的改成微软翻译即可使用就是右
  • 2023-02-05DaemonSet方式部署nginx-ingress
    前言nginx-ingress是k8s官方维护的一个IngressController,具体使用,官方有详细的文档:https://kubernetes.github.io/ingress-nginx/deploy/直接按照官方文档进行安装,一般
  • 2023-01-05Metagenome数据库构建_物种组成_丰度估计 2023.01.04
    物种组成_丰度估计***下载数据库###kraken2databasewgethttps://genome-idx.s3.amazonaws.com/kraken/k2_pluspf_8gb_20210517.tar.gztar-zxvfk2_pluspf_8gb_20210517.
  • 2023-01-04Metagenome宏基因组 质控 过滤 比对 去除宿主 2023.01.01-202301.02
    质控过滤比对去除宿主#云硬盘挂在100Gvirtio-disk-bxgzkldx/dev/disk/by-id/virtio-disk-bxgzkldx/dataext4defaults00#uniport数据库下载wgethttps://ftp.unip