15-有参转录组实战1-批量质控-fastp

#本教程部分参考B站15天入门生物信息教程，在开启以下教程前，请务必看看我前面两个教程，Linux系统上安装R语言（https://www.bilibili.com/read/cv24718269）和下载好转录组（https://www.bilibili.com/read/cv24719254）。

#1，我们对上次下载的转录组进行实战分析，首先进行质量控制，使用fastp软件。

conda list#查看目前已经安装的包

conda search fastp#查看版本

conda install fastp=0.23.2#建议装个偏旧的版本

fastp-h#检查是否安装成功，有东西出来就行

#2，对文件重命名，回看NCBI，SRR22954651- SRR22954653是野生型，另外3个就是过表达了。

 #3，生成sample.txt文件，每行后面有个空格，最后一行是空行：

#4，生成批量命令脚本

awk'{print "fastp -i "$1".fastq.gz -I "$2".fastq.gz -o "$1".clean.fq.gz -O "$2".clean.fq.gz -h "$3".html &"}'sample.txt>command_fastp.sh

#5，看看command_fastp.sh文件

#6，运行脚本

sh command_fastp.sh

#7，或者将步骤3-6改为使用for循环：

for i in {1..3};do fastp -i WT${i}_1.fastq.gz -I WT${i}_2.fastq.gz -o WT${i}_1.clean.fq.gz -O WT${i}_2.clean.fq.gz -h WT${i}.html;done;

for i in {1..3};do fastp -i OE${i}_1.fastq.gz -I OE${i}_2.fastq.gz -o OE${i}_1.clean.fq.gz -O OE${i}_2.clean.fq.gz -h OE${i}.html;done;

#8，等到html文件出来就行，这里大概用了15min，查看结果，有clean data，还有HTML的报告，报告解读主要看Q30>85%，它这个上传文件就是质控过的，所以质控前后的数据基本一致。目前生物公司测序后的数据基本也是像这样质控完了，才会给客户，而且质量基本都不错。但是以防万一，还是要自己质控一遍的。

#eva

#加个尾图