在《系统科学方法概论》的第五章中，自组织系统的演化是一个动态的过程，它包括自组织的形成、发展和演进等阶段。
在自组织的形成阶段，系统内部要素之间的相互作用和协同作用开始显现，系统的结构和行为逐渐变得有序；在自组织的发展阶段，系统通过不断地适应外部环境的变化和调整内部要素之间的相互作用，逐渐提高自身的性能和效率，从而实现自我创新和自我调整。
自组织系统的结构与功能是相互关联的，系统的结构决定了其功能，而功能又是结构演化的驱动力。系统的自组织是指系统在没有外部力量的干预和指导下，能够自发地形成有序的结构和行为。这种自组织能力是系统内部要素相互作用和协同作用的产物，它使得系统能够自主地适应外部环境的变化，并维持自身的稳定性和演化。在自组织系统中，每个要素都具有自主性，它们之间的相互作用和协同作用是系统自组织行为的基础。