KEGG图

1. 生信分析中KEGG图的作用是什么

在生物信息学分析过程中，KEGG通路富集分析常常应用于差异表达基因的功能注释，了解差异表达基因的相关功能与作用通路。

2. KEGG气泡图的解读

例如上图显示的是KEGG点状图，横轴GeneRatio表示对应pathway差异基因数/能够对应到pathway数据库中的差异基因数，即代表该pathway下的差异基因个数占差异基因总数的比例，纵轴表示富集到的pathway的描述信息。

qvalue代表富集分析得到的qvalue，Count代表富集基因数目。showCategory指定展示的pathway的个数，比如展示显著富集的top10个，即p.adjust（矫正后的pvalue）最小的10个。不同的颜色代表不同adjusted p-value，从蓝色到红色，表示adjusted p-value从大到小，富集程度越来越显著。

3. KEGG柱形图的解读

上图中的横轴为该pathway的差异基因个数，纵轴为富集到的pathway的描述信息。

同样showCategory指定展示的pathway的个数，比如可以展示显著富集的top10个，即p.adjust最小的10个。条形的颜色对应p.adjust值，从小到大，对应蓝色到红色。

 4. KEGG通路图的解读

KEGG官网样式的通路图是一幅线框图，即由点和线构成的，其中红色基因上调，绿色基因下调。点和线构成的分子间的关系类型，比如蛋白-蛋白互作包含大量磷酸化（+p）和去磷酸化（-p）的过程等等。