- 2024-07-03差异基因富集分析(R语言——GO&KEGG&GSEA)
接着上次的内容,上篇内容给大家分享了基因表达量怎么做分组差异分析,从而获得差异基因集,想了解的可以去看一下,这篇主要给大家分享一下得到显著差异基因集后怎么做一下通路富集。1.准备差异基因集我就直接把上次分享的拿到这边了。我们一般都把差异基因分为上调基因和下调基因分
- 2024-03-1923-有参转录组实战9-差异基因GO富集分析
#这里需要对非模式物种制作ORG.DB包,如果是模式物种,“https://bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___OrgDb”该网站有自带的成熟的包,自行下载使用就行。#对上一个教程中得到的out.emapper.annotations文件,对表头修整下:#windows上的R运行library(dplyr)libra
- 2022-10-04KEGG图
1.生信分析中KEGG图的作用是什么在生物信息学分析过程中,KEGG通路富集分析常常应用于差异表达基因的功能注释,了解差异表达基因的相关功能与作用通路。2. KEGG气泡图的解
- 2022-10-04GSEA图
1.什么是GSEA?GeneSetEnrichmentAnalysis(GAES,基因集富集分析)用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势,从而判断其对表型的贡
- 2022-10-04散点图和箱线图
1.散点图和箱线图的差别:箱线图就是散点图把横坐标弱化的结果。弱化个体的概念,强化群体的概念,把同一个分组放到一起,就形成了箱线图。箱线图的输入数据是一个数值型向量