rm(list=ls())#清除所有变量library(KEGGREST)#设置工作目录并读取数据setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\New_microtable\\HUMAnN")#根据实际路径修改pathways_df<-read.table("kegg_abundance.txt",header=TRUE,stringsAsFactors=FA

接着上次的内容，上篇内容给大家分享了基因表达量怎么做分组差异分析，从而获得差异基因集，想了解的可以去看一下，这篇主要给大家分享一下得到显著差异基因集后怎么做一下通路富集。1.准备差异基因集我就直接把上次分享的拿到这边了。我们一般都把差异基因分为上调基因和下调基因分

众所周知，在完成蛋白组学组间差异蛋白筛选后，往往要做GO与KEGG功能富集分析，这就需要我们首先将蛋白名转换为基因名，或者找出基因ID。将蛋白名转化为基因名可能涉及不同的转换工具或数据库，这里有几种常见的方法：①UniProt数据库：UniProt数据库提供了蛋白和其对应基因的关联信息。可

#进行功能注释时，我们只用到蛋白文件，就是上一期提取序列的文件“Ptri.protein.fa”。#使用命令“grep-c">"Ptri.protein.fa”统计下“>”的个数，发现有52400个。#新建文件夹“swissprot”wgethttps://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase

KEGG富集分析柱状图结果图展示该条形图展示的是富集在每个Term的基因数目。Term可以是GO或者通路名称等等。FDR是矫正后的pֵ值。输入数据该输入数据的每一行显示的是一个Term（GO或通路）中富集到的基因数目、比例、P值。每一行的数据用制表符“\t”分隔。input.txt代码#

 转载 医学和生信笔记公众号医学和生信笔记公众号主要分享4大块内容：生信数据挖掘医学统计分析机器学习临床预测模型前期主要是以医学统计和临床预测模型为主，关于生信挖掘和机器学习的内容偏少，所以后面会逐渐增加这方面的内容，除了常见的生信分析外，还会涉及一些SCI图表学

 KEGGPATHWAYDatabaseKEGGPATHWAY数据库是一个手工画的代谢通路的集合，包含以下几方面的分子间相互作用和反应网络：1.新陈代谢2.遗传信息加工3.环境信息加工4.细胞过程5.生物体系统6.人类疾病7.药物开发PATHWAY的五种类型仅仅第一种参考通路(referencepathway)图是手动画出来的

代码如下：importrequestsfrombs4importBeautifulSoupimportredefvisit2(url):response=requests.get(url)#检查响应是否成功ifresponse.status_code==200:#使用BeautifulSoup解析HTMLsoup=BeautifulSoup(response.text,"ht

在宏基因组分析中，KEGG（KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes）是一个常用的生物信息学工具，用于对基因功能和代谢通路进行分析。KEGG数据库将基因和蛋白质与生物通路和代谢途径相关联，以帮助研究人员理解生物体内的分子机制。"KEGGlevel"是指KEGG通路的层次结构。KEGG通路分为不

使用R语言查询某物种所有通路及通路内的基因，这里使用Y书的clusterProfiler包。这里以人类为例查询所有通路及通路内的基因：library(R.utils)R.utils::setOption("clusterProfiler.download.method","auto")hsa_kegg<-clusterProfiler::download_KEGG("hsa") 这里使用的

 在进行差异表达分析的时候，我们会得到很多的差异表达基因，富集分析可以把这些差异基因概述成整体事件。A信号通路与症状有关，而不是A1/A2/A3等基因与症状有关。GO和KEGG就是基于不同的分类，而储存的基因相关功能的数据库。  利用GO数据库，我们就可以得到我们的目标基因在CC,MF和

目前我的R版本是4.0以上的，已经找不到KEGG.db的package了，只能手动来~~ 首先，在bioconductor的主页搜索KEGG.db，然后找到在KEGG.db的页面，找到下载链接 https://bioconductor.org/packages/3.6/data/annotation/src/contrib/KEGG.db_3.2.3.tar.gz。在我的ubuntu终端上，wget 

一是基于筛选的差异基因，采用超几何检验判断上调或下调基因在哪些GO或KEGG或其它定义的通路富集。假设背景基因数目为m，背景基因中某一通路pathway中注释的基因有n个；上调基因有k个，上调基因中落于通路pathway的数目为l。简单来讲就是比较l/k是否显著高于n/m，即上调基因中落在通路pathwa

1.生信分析中KEGG图的作用是什么在生物信息学分析过程中，KEGG通路富集分析常常应用于差异表达基因的功能注释，了解差异表达基因的相关功能与作用通路。2. KEGG气泡图的解

目录1.GO富集使用orgDb在线shiny2.KEGG富集1.GO富集使用orgDb通过使用Bioconductor的AnnotationHub在线检索并抓取OrgDb。非模式基因GO富集分析：以玉米为例+使用OrgDb