001、
bwa mem -t 4 -k 32 -M -R "@RG\tID:name\tSM:name\tPL:illumina\tLB:name\tPU:name" reference.fna sm.clean.1.fastq.gz sm.clean.2.fastq.gz | samtools view -Sb - > sm.bam
mem：mem比对算法
-t：指定线程数
-k： （这个参数可以不设置）最小的种子长度（minimum seed length），bwa采用seed-and-extend的策略，在seed阶段，bwa取read的碱基片段在reference上进行精确匹配，并选择满足一定长度要求和匹配次数的read片段作为seed，这个阶段算法的核心是基于FM-index的精确匹配； 在extend阶段，bwa利用smith-waterman算法将seed在read和reference上向两边延伸比对（容忍gap），进而找到整个read在reference上符合条件的全局匹配。
-M： bwa mem在比对的时候， 对于一条序列同时比对到基因组不同区域的情况，bwa认为都是最优匹配，但是会和picard不兼容，影响后面gatk的检测，这个时候可以设置-M选项，将较短的比对标记为次优，与picard兼容。
-R：
管道后接samtools：
-S：表示读入文件为sam格式
-b：表示输出文件为bam格式
。
参考：
标签：name,reference,read,bwa,seed,使用,序列,mem From： https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/17723226.html