1.bwa的下载与安装https://www.jianshu.com/p/19f58a07e6f4主要参考这篇帖子，如果之前的步骤都走通了的话，依赖什么的不用特别安装，报错了再补也可以安好了之后，进到他的路径，输./bwa,就可以确认bwa有没有安装好了，环境设置好以后可以在其他地方输入bwa，也可以叫他出来。在正式开始

 创建conda环境，安装必要软件condacreate-nwgscondaactivatewgscondainstallbioconda::bwa 下载最佳reffastagcloudstoragecpgs://BUCKET_NAME/OBJECT_NAMESAVE_TO_LOCATIONgs://gcp-public-data--broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fastaR

GATKfastpbwa---产生sam文件bwa有三种算法,其中mem比较全面bwaindexref.fa先建立index,下载参考基因组的fasta文件。？不知道可不可以用压缩文件，教程是解压的。在操作的时候我也解压了bwamemref.faread1.fqread2.fq>aln-pe.sam#无参数R这里输入的.fq可以是压缩

bwaaln是一个用于DNA序列比对的工具，主要用于将测序数据与参考基因组进行比对。您可以按照以下步骤使用bwaaln：安装bwa软件：首先，您需要从bwa的官方网站（http://bio-bwa.sourceforge.net/）下载并安装bwa软件，确保您的计算机上已经安装了必要的依赖项。准备参考基因组：您需要准备一

 001、bwamem-t4-k32-M-R"@RG\tID:name\tSM:name\tPL:illumina\tLB:name\tPU:name"reference.fnasm.clean.1.fastq.gzsm.clean.2.fastq.gz|samtoolsview-Sb->sm.bam mem：mem比对算法-t：指定线程数-k：（这个参数可以不设置）最小的种子长度（minimumseedlen

参考：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247483738&idx=1&sn=bd57965cf960293837671b315b35c4d4&chksm=9b4841e1ac3fc8f7d4102f1b07abce8d805542ef56b25c5aab21fb587276170d7a1ef8a6ab8a&scene=21#wechat_redirect下载hg19,hg38,小鼠基因

8.29流程：使用Trimommatic软件进行过滤，bwa构建参考基因组索引，bwamem算法比对失败（sam文件无内容）'[M::bwa_idx_load_from_disk]read0ALTcontigs'：BWA在加载参考基因组索引时，未读取到任何备选（ALT）的contigs。这可能意味着你的参考基因组没有额外的备选序列，只有主要序列。'[