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blast软件比对库nr、nt、swissprot库的下载

时间:2023-07-15 17:14:10浏览次数:51  
标签:root PC1 db swissprot test02 nr blast nt

 

001、

 

002、

 

003、

 

004、

 

005、

 

006、

 

007、

链接:https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/

 。

 

008、使用命令行下载

a、

[root@PC1 test02]# wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nr.gz
[root@PC1 test02]# wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nt.gz

 

b、解压

[root@PC1 test02]# gunzip nr.gz
[root@PC1 test02]# gunzip nt.gz

 

c、创建nr/nt数据库目录

[root@PC1 test02]# mkdir nr_db nt_db

 

d、构建nr/nt数据库

[root@PC1 test02]# makeblastdb -in nr -dbtype prot -title my_nr -parse_seqids -out ./nr_db/nr -logfile make_nr.log
[root@PC1 test02]# makeblastdb -in nt -dbtype nucl -title my_nt -parse_seqids -out ./nt_db/nt -logfile make_nt.log

 

标签:root,PC1,db,swissprot,test02,nr,blast,nt
From: https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/17556496.html

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