NRRD批量转换成NIFTI

3D slicer, MITK默认会将医学图像保存为格式为NRRD的图像，但是我们还是习惯于操作NIFTI格式的数据，于是就有了NRRD转换成NIFTI的需求。
之前自己有一个比较笨的方法，就是将NRRD图像导入到MITK软件中，然后再另存成NIFTI的数据。如果数据少，还可以接受。但是当数据比较多时，这种方法过于耗时耗力。
为了解决这个问题，网上搜索了一些解决方案，并将两个代码进行了合并，供使用，具体代码如下。代码中baseDir可以修改成指定的目录，files里面*后面的部分，改为自己匹配的文件名。

 1 import os
 2 from glob import glob
 3 import numpy as np
 4 import vtk
 5 
 6 
 7 def readnrrd(filename):
 8     """Read image in nrrd format."""
 9     reader = vtk.vtkNrrdReader()
10     reader.SetFileName(filename)
11     reader.Update()
12     info = reader.GetInformation()
13     return reader.GetOutput(), info
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16 def writenifti(image,filename, info):
17     """Write nifti file."""
18     writer = vtk.vtkNIFTIImageWriter()
19     writer.SetInputData(image)
20     writer.SetFileName(filename)
21     writer.SetInformation(info)
22     writer.Write()
23 
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25 if __name__ == '__main__':
26     baseDir = os.path.normpath(r'G:/aurora-nrrd/')
27     files = glob(baseDir+'/*label.nrrd')
28     for file in files:
29         m, info = readnrrd(file)
30         writenifti(m,  file.replace('label.nrrd', 'label.nii'), info)