VladimirI.Levenshtein一、文本对比的列文斯坦距离（编辑距离）算法在日常应用中，文本比较是一个比较常见的问题。文本比较算法也是一个老生常谈的话题。文本比较的核心就是比较两个给定的文本（可以是字节流等）之间的差异。目前，主流的比较文本之间的差异主要有两大类。一类是基

下面讲如何在windows系统上用blast做基因家族的鉴定：1，下载在NCBI网站上下载blast工具“https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download”点击进入ftp下载地址，选择自己电脑合适版本的blast工具，这下载好慢呀 2，安装并准备好

blastn多加上 blastn-short-task：设置比对模式，通常情况会有一个默认task，这里要设置为blastn-short-word_size：尽可能小，这里设为7-evalue：类似于p值的一个指标，越小说明越可靠 TasksTaskDescriptionblastpTraditionalBLASTPtocompareaproteinquerytoaproteindatabaseblas

使用blast比对时，只保留一个最优结果代码：blastn-dbnt.blast.db-queryseq.fa-outblast.nt.result-evalue1e-5-outfmt6-num_threads30-max_hsps1-num_alignments1 使用-max_hsps参数和-num_alignments，均设置为1，则保留一个最优结果

 001、 002、 003、 004、 005、 006、 007、链接：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/ 。 008、使用命令行下载a、[root@PC1test02]#wget-chttps://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nr.gz[root@PC1test02]#wget-chtt

 001、对数据库构建索引makeblastdb-inprotein.faa-dbtypeprot-parse_seqids-outdatabase_name-logfilelog makeblastdb：构建索引的软件-in protein.faa：要构建索引的数据库（这里是拟南芥的蛋白质序列）-dbtype:指定数据类型，prot为蛋白质、nucl为核酸；这里是蛋

 001、进入ncbi官网 002、点击blast 0 003、点击downloadblast 004、点击如下链接： 005、点击下载linux64位：下载链接：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/  006、下载完成后，上传至linux系统 

Docker神器的使用原创 生信小尧 生信小尧 2023-02-2117:42 发表于广东收录于合集#linux5个 点击蓝字关注我们  什么是Docker？Docker是一个开源的应用容器引擎诞生于2013年初，基于Go语言实现，dotCloud公司出品(后改名为DockerInc)Docker可以让开发

Docker神器的使用原创 生信小尧 生信小尧 2023-02-2117:38 发表于广东收录于合集#linux5个 点击蓝字关注我们  什么是Docker？Docker是一个开源的应用容器引擎诞生于2013年初，基于Go语言实现，dotCloud公司出品(后改名为DockerInc)Docker可以让开发

 HengLi'sblogArchiveCategoriesPagesTagsOnthedefinitionofsequenceidentity25November2018Sequenceidentityisawaytomeasurethe

exportPATH=/home/ubuntu/software:$PATH#PATH=PWD:$PATHcondacreat-cbioconda-nname_envsfastqc#conda子环境安装fastqccondaactivatename_envs#切换到子环境