• 2024-10-22如何根据标记引物序列找到基因组上具体位置?
    要找到基因组上特定位置,仅凭标记引物序列,可以采用以下几种方法:利用在线工具进行In-SilicoPCR:可以使用UCSCGenomeBrowser提供的In-SilicoPCR工具(http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr)进行在线分析。这个工具允许你输入引物序列,并在基因组数据库中搜索匹配的序列。它还会
  • 2024-09-11Arcane Blast,官方中文,解压即玩,
    游戏截图 艾德里安曾经是一名强大的巫师,现在他发现自己被学生背叛,被困在暗影维利的世界里。现在,您必须引导艾德里安重新发现自己的力量,战胜成群结队的无情敌人,揭开秘密,掌握各种元素,努力返回家园。游戏玩法以20-40分钟的运行为基础,可以无休止地循环。每次运行都会带来
  • 2024-03-19C#,深度好文,精致好码,文本对比(Text Compare)算法与源代码
    VladimirI.Levenshtein一、文本对比的列文斯坦距离(编辑距离)算法在日常应用中,文本比较是一个比较常见的问题。文本比较算法也是一个老生常谈的话题。文本比较的核心就是比较两个给定的文本(可以是字节流等)之间的差异。目前,主流的比较文本之间的差异主要有两大类。一类是基
  • 2023-11-242-基因家族的鉴定-基于windows系统上的本地blast
    下面讲如何在windows系统上用blast做基因家族的鉴定:1,下载在NCBI网站上下载blast工具“https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download”点击进入ftp下载地址,选择自己电脑合适版本的blast工具,这下载好慢呀 2,安装并准备好
  • 2023-11-01用blast blastn进行短序列的搜索(比对)
    blastn多加上 blastn-short-task:设置比对模式,通常情况会有一个默认task,这里要设置为blastn-short-word_size:尽可能小,这里设为7-evalue:类似于p值的一个指标,越小说明越可靠 TasksTaskDescriptionblastpTraditionalBLASTPtocompareaproteinquerytoaproteindatabaseblas
  • 2023-10-17blast只保留一个最优结果
    使用blast比对时,只保留一个最优结果代码:blastn-dbnt.blast.db-queryseq.fa-outblast.nt.result-evalue1e-5-outfmt6-num_threads30-max_hsps1-num_alignments1 使用-max_hsps参数和-num_alignments,均设置为1,则保留一个最优结果
  • 2023-07-15blast软件比对库nr、nt、swissprot库的下载
     001、 002、 003、 004、 005、 006、 007、链接:https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/ 。 008、使用命令行下载a、[root@PC1test02]#wget-chttps://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nr.gz[root@PC1test02]#wget-chtt
  • 2023-07-15linux 中blast序列比对
     001、对数据库构建索引makeblastdb-inprotein.faa-dbtypeprot-parse_seqids-outdatabase_name-logfilelog makeblastdb:构建索引的软件-in protein.faa:要构建索引的数据库(这里是拟南芥的蛋白质序列)-dbtype:指定数据类型,prot为蛋白质、nucl为核酸;这里是蛋
  • 2023-07-14linux 中blast软件的安装
     001、进入ncbi官网 002、点击blast 0 003、点击downloadblast 004、点击如下链接: 005、点击下载linux64位:下载链接:https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/  006、下载完成后,上传至linux系统 
  • 2023-04-20docker基本命令学习
    Docker神器的使用原创 生信小尧 生信小尧 2023-02-2117:42 发表于广东收录于合集#linux5个 点击蓝字关注我们  什么是Docker?Docker是一个开源的应用容器引擎诞生于2013年初,基于Go语言实现,dotCloud公司出品(后改名为DockerInc)Docker可以让开发
  • 2023-04-13docker的技术学习
    Docker神器的使用原创 生信小尧 生信小尧 2023-02-2117:38 发表于广东收录于合集#linux5个 点击蓝字关注我们  什么是Docker?Docker是一个开源的应用容器引擎诞生于2013年初,基于Go语言实现,dotCloud公司出品(后改名为DockerInc)Docker可以让开发
  • 2023-01-21摘抄重要内容 Minimap2 On the definition of sequence identity
     HengLi'sblogArchiveCategoriesPagesTagsOnthedefinitionofsequenceidentity25November2018Sequenceidentityisawaytomeasurethe
  • 2023-01-01Metagenome宏基因组 singularity 容器安装使用 2022.12.29 -2022.01.01
    exportPATH=/home/ubuntu/software:$PATH#PATH=PWD:$PATHcondacreat-cbioconda-nname_envsfastqc#conda子环境安装fastqccondaactivatename_envs#切换到子环境