001、对数据库构建索引
makeblastdb -in protein.faa -dbtype prot -parse_seqids -out database_name -logfile log
makeblastdb：构建索引的软件
-in protein.faa： 要构建索引的数据库（这里是拟南芥的蛋白质序列）
-dbtype : 指定数据类型，prot为蛋白质、nucl为核酸； 这里是蛋白质，因此选prot
-parse_seqids： 帮助我们解析fa文件中，“>”后面的id信息
-title：给数据库起个名(不能用在后面搜索时-db的参数)
-out： 后接数据库名
-logfile：输出日志文件。
标签：数据库,prot,parse,索引,linux,序列,blast From： https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/17555923.html