0. 在工作目录建立存储文件夹
options(stringsAsFactors = F)
library(stringr)
cancer_type="TCGA-CHOL"
if(!dir.exists("clinical"))dir.create("clinical")
if(!dir.exists("expdata"))dir.create("expdata")
dir()
3. 设置癌症类型，需修改（保持格式不变）
4. 在工作目录下创建clinical文件夹，用来存放下载的临床数据文件
5. 在工作目录下创建expdata文件夹，用来存放下载的表达数据文件
6. 查看工作目录下的文件及文件夹
1. 下载表达数据文件
数据存放网站： https://portal.gdc.cancer.gov/
在Repository勾选需要的case和file类型。
选好后添加到Cart，进入Cart界面下载（调用IDM）
表达数据文件包括：
Metadata：metadata.cart.2022-09-26.json
（json文件，包括文件信息和样本barcode的关系。tsv文件名为“file_name”，该文件所属的文件夹为“file_id”，该tsv文件对应的样品id为“associated_entities”下的“entity_submitter_id”。）
Download-Cart：gdc_download_20220926_143651.032766.tar.gz
（tsv文件，表达数据文件。下载的文件是按样本存放的，每个样品一个文件夹，每个文件夹下都有一个tsv文件。）
将表达数据的压缩包文件解压到“expdata”文件夹中。
2. 下载临床数据文件
清空Cart，
选好后添加到Cart，进入Cart界面下载（需刷新页面，否则可能下载到上次下载的文件）（调用IDM）
表达数据文件包括：
Download-Cart：gdc_download_20220926_143651.032766.tar.gz
（xml文件，临床数据文件。）
将临床数据的压缩包文件解压到“clinical”文件夹中。
3. 如果表达数据或临床数据的数据包太大，从网页下载不下来，则使用gdc-client工具下载
gdc-client工具下载网站： https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool
先从网站选择数据，并下载表达数据或临床数据的Manifest文件：
将表达数据的Manifest文件重命名为：gdc_manifest_expdata.2020-03-23.txt
将临床数据的Manifest文件重命名为：gdc_manifest_clinical.2020-03-23.txt
将gdc-client.exe和两个manifest文件放在工作目录下；
在terminal中分别运行下面两行命令进行文件下载（注意空格）：
gdc-client.exe download -m gdc_manifest_clinical.2020-03-23.txt -d clinical gdc-client.exe download -m gdc_manifest_expdata.2020-03-23.txt -d expdata
gdc-client：下载工具文件
download：函数，实现下载功能
-m：download的参数，表示manifest，清单文件
gdc_manifest_cl.2020-03-23.txt：-m参数的值，需修改（与manifest文件名一致）
-d：download的参数，表示directory，下载路径
clinical：-d参数的值
查看下载文件的数量：
length(dir("./clinical/"))
length(dir("./expdata/"))
下载的文件是按样本存放的，我们需要得到的是表格，需要将他们批量读入R语言并整理。
标签：文件夹,文件,1.1,TCGA,矩阵,manifest,gdc,下载,数据文件 From： https://www.cnblogs.com/xiaogaobugao/p/16725929.html