• 2024-07-10如何通过SRA Tools处理从NCBI获得的SRA数据
    1.安装SRATools通过SRAToolkit可以方便的从NCBI下载SRA数据,但是速度较慢,Aspera虽然快,但是难点在于找NCBI的源文件地址,而且SRAToolkit好像可以调用Aspera(虽然还没找到方法)具体操作可以参考这个帖子,下载安装很容易,主要是配置环境要配置好,不然用不了https://blog.csdn.net/m0_6
  • 2024-07-10如何从NCBI上下载ATAC-seq数据
    如何从NCBI上下载数据——使用ASCP下载数据1.下载ASCPhttps://cloud.tencent.com/developer/article/23681502.获取NCBI上的ACCESSIONIDs①.在NCBI-SRA上检索自己想要数据。②.拉到最底下,选择sendto,再选择Runselect,最后选择GO。③.进入SRARunselect页面,选择Accessi
  • 2024-06-20单细胞测序最好的教程(十四)测序原始数据公开至NCBI数据库
    作者按国内对于单细胞测序相关的中文教程确实不够全面,当然NCBI官网给的上传教程也比较详细了,所以变成了会者不难。本教程你现在可能用不上,但是你如果做单细胞测序,那么未来你一定会用上,建议收藏。在这里,我们将演示如何将测序文件完整上传到NCBI上。本教程首发于单细胞最好的中文
  • 2023-10-06根据sra号从ncbi下载标准fastq数据
     001、ncbi官网   002、SRALite和SRANormalized的区别:https://www.omicsclass.com/article/2178如下图:sra.lite的磁盘占用小于标准sra的,以SRR3156163为例。    003、sra.lite和sra标准数据下载 004、点击dataaccess  005、如下图:1未标准
  • 2023-07-14linux 中blast软件的安装
     001、进入ncbi官网 002、点击blast 0 003、点击downloadblast 004、点击如下链接: 005、点击下载linux64位:下载链接:https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/  006、下载完成后,上传至linux系统 
  • 2023-02-18配置LINUX服务器和GEO数据处理
    1.服务器端Anaconda安装&配置1.1下载Anaconda安装包wgethttps://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2022.05-Linux-x86_64.sh1.2安装bashAnaconda3-2022.05
  • 2023-02-13Kraken2建库遇到的报错
    Kraken2是用于物种分类的分析软件。安装mkdir-p~/Softwarecd~/Softwaregitclonehttps://github.com/DerrickWood/kraken2cdkraken2shinstall_kraken2.sh~/
  • 2023-01-01Metagenome宏基因组 singularity 容器安装使用 2022.12.29 -2022.01.01
    exportPATH=/home/ubuntu/software:$PATH#PATH=PWD:$PATHcondacreat-cbioconda-nname_envsfastqc#conda子环境安装fastqccondaactivatename_envs#切换到子环境
  • 2022-12-31从NCBI中下载SRA数据
     今天测试了fastq-dump直接根据SRA号无法下载。只有下面一种方法测试成功。001、   002、   003、   004、   005、[root@PC1test