这是我从零开始学习LAMMPS的个人笔记，主要用于自我回顾。如果你觉得这些内容对你有帮助，欢迎参考。如果有任何错误或需要改进的地方，也请不吝赐教~由于本人没有自装Lammps，用的远程超算提交模式，这里可能会与个人操作有一些不同。下面开始：【三个文件：in文件、eam势文件、任务提交文

​【2】分子动力学模拟+数据处理程序viewSq程序：可视化分子动力学（VMD）模块+ 分析X射线和中子结构因子freud程序:用于原子模拟数据的高通量分析HBCalculator程序：通过VMD可计算分子动力学模拟中氢键密度和强度的一维和二维分布DensityCalculator程序（1D&2D

在LAMMPS中，variable命令用于定义变量，这些变量可以用于控制模拟过程中的各种参数和设置。variable命令可以定义多种类型的变量，包括常量、公式、循环变量、文件变量等。以下是variable命令的一些常见用法和示例：1.常量变量用于定义固定的数值：variablenameequalvalue示例：

在FCC（面心立方）晶体中，ISF（本征堆垛层错，IntrinsicStackingFault）、ESF（外禀堆垛层错，ExtrinsicStackingFault）以及twin（孪晶）转变是材料科学中重要的概念，它们的形成通常与晶体生长过程中的原子扩散、堆垛错误或变形过程中的滑移和孪生有关。下面将分别介绍这三个概念及其在FCC晶体中

往期内容主要涵盖： 熔化温度 + 超导电性 + 电子化合物 + 分子动力学模拟 + 第一性原理计算 + 程序分享【1】熔化温度 +分子动力学+LAMMPS相关内容【文献分享】分子动力学模拟+LAMMPS+熔化温度+晶体缺陷+熔化方法LAMMPS文献：金属熔化行为的局域原子

来源：“码农不会写诗”公众号链接：Lammps入门in文件vscode高亮插件-LammpsSyntaxHighlighting文章目录01LammpsSyntaxHighlighting02安装03效果LammpsSyntaxHighlighting  工欲善其事必先利其器，Lammps语法高亮插件不仅是美观视觉必备，也是命令学习、

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msi2lmp工具的用途：将MaterialStudio中建好的模型转化成能够运行的.data文件安装1、cmake编译安装lammps时msi2lmp会自动编译好，直接终端输入msi2lmp就可以调用2、make编译安装lammps，需要单独再次进入tool/msi2lmp文件夹。输入make编译安装此工具，生成msi2lmp.exe运行文件。并

思路1、六元碳环中，两原子最远距离为3X1.7=5.12、六个碳原子的集合中，每个碳原子彼此之间都只成两个C-C键的情况。只有一种可能————碳原子之间首尾相连连成六元环步骤1、找出距离目标原子距离<=5的所有原子，建立一个包含n个原子列表2、在列表中随机取六个原子，建立一个小

1背景（introduction）：安装lammps是为了跑一些分子动力学模拟，学校用的应该是曙光的服务器（ui界面比较像），然后安装软件参考的教程是曙光官方的教程，虽然很有参考意义，但是确实是过时了，安装时走了很多弯路，记录一下。（如果没有linux基础知识，建议先熟悉一下操作，不然会云里雾里）tips:请阅读

7.加速性能7.1.基准测试7.2.测试性能7.3.通用技巧7.4.加速器包LAMMPS中添加了各种pair_style、fixes、compute和其他命令的加速版本，其运行速度通常比标准非加速版本更快。有些需要您的系统上存在适当的硬件，例如GPU或IntelXeonPhi协处理器。所有这些命令都包含在

 5.命令 本部分描述了LAMMPS输入脚本的格式以及其中的命令如何用于定义LAMMPS模拟。主要包括以下内容。5.1.LAMMPS输入脚本5.2.输入脚本的解析规则5.3.输入脚本结构5.4.按类别划分的命令5.5.通用命令5.6.Fix命令5.7.compute命令5.8.Pair_style势5.9.Bond_

5.命令 本部分描述了LAMMPS输入脚本的格式以及其中的命令如何用于定义LAMMPS模拟。主要包括以下内容。5.1.LAMMPS输入脚本5.2.输入脚本的解析规则5.3.输入脚本结构5.4.按类别划分的命令5.5.通用命令5.6.Fix命令所有LAMMPSFix命令的按字母顺序列于下表。有些

 5.命令 本部分描述了LAMMPS输入脚本的格式以及其中的命令如何用于定义LAMMPS模拟。主要包括以下内容。5.1.LAMMPS输入脚本5.2.输入脚本的解析规则5.3.输入脚本结构5.4.按类别划分的命令5.5.通用命令5.6.Fix命令5.7.compute命令5.8.Pair_style势所有LAMMP

5.命令 本部分描述了LAMMPS输入脚本的格式以及其中的命令如何用于定义LAMMPS模拟。主要包括以下内容。5.1.LAMMPS输入脚本5.2.输入脚本的解析规则5.3.输入脚本结构5.4.按类别划分的命令5.5.通用命令5.6.Fix命令5.7.compute命令5.8.Pair_style势5.9.Bond_st

主要内容“在分子动力学（MD）模拟中描述原子层面的结构信息是材料建模与模拟领域研究人员的一项必要任务。密度分布的可视化通常是结构表征中最重要的特性之一。可视化分子动力学（VMD）是一种广泛使用的分子可视化软件包，它不仅能可视化复杂的分子系统，还能通过集成特殊插件或运行内

2. LAMMPS安装您可以将LAMMPS下载为可执行文件或源代码。在下载LAMMPS源代码时，还必须构建LAMMPS。但是对于在构建中包含或排除哪些特性，您有更大的灵活性。当您下载并安装预编译的LAMMPS可执行文件时，您只能安装可用的LAMMPS版本以及这些构建中包含的特性。如果您计划修改或扩