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【程序分享 2】分子动力学模拟 + 数据处理程序

时间：2024-09-07 11:50:36浏览次数：10  
标签：分子 LAMMPS 程序 动力学 数据处理 分享 模拟

​【2】分子动力学模拟 + 数据处理程序

  1. viewSq 程序 ：可视化分子动力学（VMD）模块 +  分析 X 射线和中子结构因子

  2. freud 程序: 用于原子模拟数据的高通量分析

  3. HBCalculator 程序：通过 VMD 可计算分子动力学模拟中氢键密度和强度的一维和二维分布

  4. DensityCalculator 程序（1D & 2D）：通过 VMD 可计算 LAMMPS 轨迹的密度（一）

  5. 分子动力学模拟—LAMMPS 模拟（固体和液体）数据后处理软件（六）: mdapy

  6. 分子动力学模拟—LAMMPS 液体模拟数据后处理软件（五）: LiquidLib

  7. 分子动力学模拟—LAMMPS 数据后处理软件（四）: Lindemann Index

  8. H-A键对分析程序strfac  ：分子动力学模拟—LAMMPS 数据后处理软件（三）

  9. 分子动力学模拟—LAMMPS 数据后处理软件（二）

  10. 分子动力学模拟—LAMMPS 数据后处理软件

  11. LAMMPS 文献：使用两相法计算熔化温度的软件（二）

  12. LAMMPS 文献：使用两相法自动计算熔化温度的软件（一）

  13. 键序参数分析程序——Bond Order Parameters

  14. 一个用于分析轨迹文件（LAMMPS）的VMD插件：可分析数密度、质量、电荷和电子分布

  15. 晶体结构轨迹（VASP、LAMMPS）分析后处理程序 ISAACS

  16. 安装教程：结构轨迹后处理程序ISAACS

  17. TPMD 程序：利用分子动力学轨迹研究速率过程并进行温度编程分子动力学计算的工具包

  18. 【程序分享】bop 程序 ：分子动力学模拟中进行键序参数分析—Bond Order Parameters（一）

  19. 【程序分享】bopcalc 程序：一种评估分子动力学模拟中键序参数的高效方法（二）

  20. 【程序分享】AACSD 程序: 用于晶体结构和缺陷的原子分析平台

  21. 【程序分享】AADIS 程序：位错特征和分布的原子分析平台

  22. 【程序分享】SPaMD studio 程序：（VASP + LAMMPS） 原子建模、模拟、分析和可视化的集成平台

  23. 【程序分享】CMS：图神经网络 + 形状记忆合金 + 马氏体变体 + 识别方法

  24. 【程序分享】分子动力学 + 原子模拟 + LAMMPS + 结构识别方法

  25. 【程序分享】ERSN-OpenMC-Py 程序：基于 python 的 OpenMC Monte Carlo 开源代码

  26. 【程序分享】LaSCA 程序：分子动力学模拟中复杂系统微观结构的可视化分析工具

  27. 【程序分享】kMCpy 程序：一个使用动力学蒙特卡罗模拟固体输运性质的 python 包

  28. 【程序分享】Pytim 程序：用于分子模拟界面分析的 python 包

  29. 【程序分享】dynasor 程序：一种从分子动力学模拟中提取动力学结构因子和电流相关函数的工具

  30. 【程序分享】LiquidDiffract 程序 : 液体全散射分析软件

  31. 【程序分享】MolTwister 程序：分子系统构建、操作和统计力学计算工具

  32. 【程序分享】分子动力学模拟中晶体材料中自填隙原子和空位的识别

  33. 【程序分享】GenEvaPa 程序：用于在分子动力学模拟中模拟蒸发的通用蒸发包

  34. 【程序分享】DynDen 程序：评估界面分子动力学模拟的收敛性

  35. 【程序分享】（VoroTop 程序 + Vorotis 程序 + ParVoro++ 程序 ）结合 OVITO 程序

  36. 【文献分享】JCTC：用于原子模拟中结构分类的轻量级可扩展堆叠框架

  37. 【程序分析】用于任意表面上的粒子组装的基于物理的曲面细分算法

  38. 【程序分享】PyL3dMD 程序：Python LAMMPS 3D 分子描述符包

  39. 【程序分享】ScaleLat 程序：一种用于绘制多相体系和高熵合金原子结构的化学结构匹配算法

  40. 【程序分享】LATBOLTZ 程序：LAMMPS  中三元格子玻尔兹曼模型的实现

  41. 【程序分享】Sarkas 程序：用于等离子体物理的快速纯 python 分子动力学套件

  42. 【程序分享】CLEAVING 程序：用于计算表面自由能的 LAMMPS 软件包

  43. 【程序分享】PyLAT 程序：基于 Python 代码的 LAMMPS 数据处理工具

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  45. 【程序分享】VIAMD 程序：分子动力学可视化交互式分析软件

  46. 【程序分享】TTClust 程序：具有图形界面的多功能分子模拟轨迹聚类程序

标签：分子,LAMMPS,程序,动力学,数据处理,分享,模拟
From： https://blog.csdn.net/nmrwxw/article/details/141993550

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