• 2024-06-02创建医疗知识图谱:导入数据
    将 的代码修改成这样:#!/usr/bin/envpython3#coding:utf-8#File:MedicalGraph.py#Author:lhy<[email protected],https://huangyong.github.io>#Date:18-10-3#-*-coding:utf-8-*-importosimportjsonfrompy2neoimportGraph,NodeclassMedicalGr
  • 2024-04-09状压dp——Disease Manangement 疾病管理
    题目描述Alas!AsetofD(1<=D<=15)diseases(numbered1..D)isrunningthroughthefarm.FarmerJohnwouldliketomilkasmanyofhisN(1<=N<=1,000)cowsaspossible.IfthemilkedcowscarrymorethanK(1<=K<=D)differentd
  • 2024-03-01数据集格式汇总
    2Luo'sdatasetLuo'sdataset数据集是在DTINet模型论文中提出并构建出来的,下载地址从公共数据集中收集了代表不同药物相关信息的四种类型的节点和六种类型的边,并用于构建DTI预测任务的异构网络。构建的异构网络中,共包括12015个节点和1895445条边。具体该数据集内文件目录如下
  • 2023-12-30Predict potential miRNA-disease associations based on bounded nuclear norm regularization
    PredictpotentialmiRNA-diseaseassociationsbasedonboundednuclearnormregularization  2023/12/816:00:57PredictingpotentialmiRNA-diseaseassociationsisachallengingtaskinbioinformaticsandcomputationalbiology.Oneapproach
  • 2023-12-08A Novel Approach Based on Bipartite Network Recommendation and KATZ Model to Predict Potential Micro
    ANovelApproachBasedonBipartiteNetworkRecommendationandKATZModeltoPredictPotentialMicro-DiseaseAssociationsShiruLi 1, MinzhuXie 1, XinqiuLiu 2Affiliations expandPMID: 31803235 PMCID: PMC6873782 DOI: 10.3389/fgene.2019
  • 2023-12-08Predict potential miRNA-disease associations based on bounded nuclear norm regularization
    PredictpotentialmiRNA-diseaseassociationsbasedonboundednuclearnormregularizationYidongRao 1, MinzhuXie 1, HaoWang 1Affiliations expandPMID: 36072658 PMCID: PMC9441603 DOI: 10.3389/fgene.2022.978975 SigninFreePMCa
  • 2023-11-06Human disease database
      https://www.malacards.org/    https://www.uniprot.org/uniprot/ https://www.genome.jp/kegg/disease/ 
  • 2023-09-26在线问诊 Python、FastAPI、Neo4j — 问题反馈
    目录查出节点拼接节点属性测试结果问答演示通过节点关系,找出对应的节点,获取节点属性值,并拼接成想要的结果。接上节生成的CQL#输入question_class={'args':{'看东西有时候清楚有时候不清楚':['symptom']},'question_types':['symptom_disease']}#输出[{'question_typ
  • 2023-09-26在线问诊 Python、FastAPI、Neo4j — Cypher 生成
    目录构建节点字典构建CypherCQL语句Test这边只是为了测试,演示效果和思路,实际应用中,可以通过NLP构建CQL接上一篇的问题分类question="请问最近看东西有时候清楚有时候不清楚是怎么回事"#最终输出data={'args':{'看东西有时候清楚有时候不清楚':['symptom']},'questio
  • 2023-09-19在线问诊 Python、FastAPI、Neo4j — 创建 疾病节点
    目录疾病数据创建节点根据检查结果、医生的临床经验得出疾病疾病数据disease_data.csv建议值用“”引起来。避免中间有,号造成误识别疾病"干眼""右膝髌上囊及关节腔少量积液"创建节点importloggingimportpandasaspdfromutils.neo4j_providerimportdriverloggi
  • 2023-08-02医疗知识图谱问答——文本分类解析
    前言Neo4j的数据库构建完成后,现在就是要实现医疗知识的解答功能了。因为是初版,这里的问题解答不会涉及深度学习,目前只是一个条件查询的过程。而这个过程包括对问题的关键词拆解分类,然后提取词语和类型去图数据库查询,最后就是根据查询结果和问题类型组装语言完成回答,那么以下就是完
  • 2023-08-02医疗知识图谱问答——文本分类解析
    ​前言    Neo4j的数据库构建完成后,现在就是要实现医疗知识的解答功能了。因为是初版,这里的问题解答不会涉及深度学习,目前只是一个条件查询的过程。而这个过程包括对问题的关键词拆解分类,然后提取词语和类型去图数据库查询,最后就是根据查询结果和问题类型组装语言完成回
  • 2023-07-05Sentieon | 每周文献-Genetic Disease-第二期
    遗传病系列文章-1标题(英文):AnswerALS,alarge-scaleresourceforsporadicandfamilialALScombiningclinicalandmulti-omicsdatafrominducedpluripotentcelllines标题(中文):AnswerALS,一种用于散发性和家族性ALS的大规模资源,结合了来自诱导多能细胞系的临床和多
  • 2023-06-14An analysis of what are the drug targets for the treatment of systemic lupus erythematosus
    Systemiclupuserythematosus(SLE)isanautoimmunediseasethatproduceslargeamountsofimmunecomplexesandautoantibodiesandcausesdamagetothekidneys,skin,joints,andcentralnervoussystem.CurrentSLEtreatmentismostlyglucocorticoid-ledd
  • 2022-12-15Post-GWAS: single-cell disease relevance score (scDRS) 分析
    1、scDRS的计算原理如下所示:图片来源:ZhangMJ,HouK,DeyKK,etal.Polygenicenrichmentdistinguishesdiseaseassociationsofindividualcellsinsingle-ce
  • 2022-12-05SDTM - SM
    记录TM域中定义的DiseaseMilestones相关的时间信息,名字,类型等。SM-SubjectDiseaseMilestones也可以是从别的DOMAIN中收集来的。假设:1. DiseaseMilestones:一些