• 2024-12-02AutoDock Vina-分子对接
    开始也是什么不会,一点点的学还有记录目前电脑上安装了AutoDockVina(AutoDockVina(scripps.edu) 以及薛定谔,好像我们还买了discoverystudio(听说也可以分子对接,但是我一般拿这个软件来进行对接结果的分析,可以看到2D,3D的分析,还有一些其他的键显示等)目前用的最多的就是Vi
  • 2024-08-31HPC应用&生命科学领域软件AutoDock-GPU详细安装使用教程
    目录应用简介编译安装测试算例及提交脚本应用简介AutoDock-GPU是基于OpenCL的GPU加速版本分子对接软件autodock-4.2.6。可以支持DCU已经其他支持OpenCL的设备,如CPU和NvidiaGPU等。github源码: https://github.com/ccsb-scripps/AutoDock-GPU编译安装AutoDock-GPU
  • 2024-08-31autodock vina后处理分析
    拆分对接结果vina_split--inputresult.pdbqt--ligandcomplex/lig使用mv命令批量修改文件名,把01-09修改成1-9,便于批量处理foriin`seq19`;do>mv"lig0${i}.pdbqt""lig${i}.pdbqt">done使用Openbabel把pdbqt转成pdbforiin`seq120`;do>obabel