目录
应用简介
AutoDock-GPU是基于OpenCL的GPU加速版本分子对接软件autodock-4.2.6。可以支持DCU已经其他支持OpenCL的设备，如CPU和Nvidia GPU等。
github源码: https://github.com/ccsb-scripps/AutoDock-GPU
编译安装
AutoDock-GPU基于OpenCL语言编写，在DCU上安装运行需要rocm运行时环境及其包含的OpenCL运行时环境和编译器。文档假设rocm运行时环境放置在目录${ROCM_HOME}
AutoDock-GPU源代码可以从github仓库下载：
git clone -b master https://github.com/ccsb-scripps/AutoDock-GPU
下载完成后，进入AutoDock顶层目录，按照如下步骤进行安装：
cd ./AutoDock-GPU
export GPU_INCLUDE_PATH=${ROCM_HOME}/opencl/include/
export GPU_LIBRARY_PATH=${ROCM_HOME}/opencl/lib/
make DEVICE=GPU编译完成后，在./bin/目录下生成AutoDock-GPU可执行程序autodock_gpu_64wi，程序为静态编译，可以按照需求将此程序拷贝到其他安装目录。
./bin/autodock_gpu_64wi
测试算例及提交脚本
AutoDock-GPU仓库input目录下带有几个较小的测试算例，以1stp算例为例，程序运行提交slurm脚本autodock.sbatch如下：
#!/bin/bash
#SBATCH -J autodock_test
#SBATCH -p normal
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 1
#SBATCH --gres=dcu:1
#SBATCH -o %j.out
#SBATCH -e %j.err
date
./bin/autodock_gpu_64wi -ffile ./input/1stp/derived/1stp_protein.maps.fld -lfile ./input/1stp/derived/1stp_ligand.pdbqt
date提交测试算例：
sbatch autodock.sbatch
成功运行测试算例输入如下：
Wed Feb 19 14:34:08 CST 2020
AutoDock-GPU version: sd-tsri-153-g9e18c63a709abb3bc79a0fa026ee33bf02d85e9b-dirty
Kernel source used for development: ./device/calcenergy.cl
Kernel string used for building: ./host/inc/stringify.h
Kernel compilation flags: -I ./device -I ./common -DN64WI
Local-search chosen method is: Solis-Wets (sw)
Executing docking runs:
20% 40% 60% 80% 100%
---------+---------+---------+---------+---------+
**************************************************
Program run time 9.032 sec
Wed Feb 19 14:34:17 CST 2020其他测试算例可根据需要修改提交脚本运行测试。
标签：autodock,SBATCH,1stp,算例,AutoDock,HPC,GPU From： https://blog.csdn.net/qq_27815483/article/details/141185105