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  • 2024-05-08R 语言 scRNA学习
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    解决了2天,坑点满满,哭死
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    SeuratDimplot,Vlnplot画图时报错,Errorinsetup_panel_guides(...,self=self):unusedargument(list(~features.plot,~id))pdf(paste0("EBV_GaC","_Marker_genes_Vln.png"),width=30,height=10)>DotPlot(object=subset_cells,featur
  • 2024-01-05安装seurat-wrappers包时报错,需要Seurat >= 5.0.0
    报错安装seurat-wrappers包时报错,需要Seurat>=5.0.0加载seurat-wrappers包时namespace‘Seurat’4.4.0isalreadyloaded,but>=5.0.0isrequiredlibrary(SeuratWrappers)Error:packageornamespaceloadfailedfor‘SeuratWrappers’inloadNamespace(j<-i
  • 2023-09-03Seurat Tutorial 6:整合大型数据集的技巧
    写在前面学习一个软件最好的方法就是啃它的官方文档。本着自己学习、分享他人的态度,分享官方文档的中文教程。软件可能随时更新,建议配合官方文档一起阅读。推荐先按顺序阅读往期内容:文献篇:1.文献阅读:(SeuratV1)单细胞基因表达数据的空间重建2.文献阅读:(SeuratV2)整合跨
  • 2023-09-02Seurat Tutorial 5:使用 reciprocal PCA (RPCA) 快速整合
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  • 2023-09-02Seurat Tutorial 4:映射和注释查询数据集
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  • 2023-08-02单细胞实战(1)数据下载-数据读取-seurat对象创建
    这篇文章我们将介绍从geo数据库下载单细胞测序数据后,多种数据格式多样本情况下,如何读取数据并创建seurat对象。本文主要结构:一、数据下载二、数据读取与seurat对象创建单样本情况下各种格式数据的读取,读取后seurat对象的创建多样本情况下各种格式数据的读取,读取后seurat对象
  • 2022-11-20单细胞分析:细胞聚类(十)
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    导读现在有了高质量的细胞,首先探索数据并确定任何不需要的变异来源。然后需要对数据进行归一化,计算方差并回归任何对数据有影响的协变量。1.学习目标学会如何执行归一
  • 2022-08-30seurat单细胞数据分析实现 DimHeatmap函数
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  • 2022-08-27seurat 单细胞数据分析中 VizDimLoadings 函数
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     前期处理参考:https://www.jianshu.com/p/fef17a1babc2001、dat<-pbmc[["pca"]]@cell.embeddings##绘图数据dat[1:3,1:3]plot(dat[,1],dat[,2])